วัดหมื่นสารสร้างเมื่อ พ.ศ. 1925 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2534[1] โดยปรากฎในหลักฐานต่าง ๆ ได้แก่ พงศาวดารโยนก ฉบับหอสมุดแห่งชาติ กล่าวว่า พระเจ้าอาทิตยวงศ์ ส่งราชทูตมาสืบสัมพันธไมตรีกับพระเมืองแก้ว กษัตริย์องค์ที่ 14 แห่งราชวงศ์มังราย พระเมืองแก้วทรงจัดการรับรองราชทูตและแปลพระราชสาส์น ณ วัดหมื่นสาร ตามบันทึกใบลานภาษาบาลีของวัดเจดีย์หลวงกล่าวไว้ว่าในสมัยพระเมืองเกษเกล้า กษัตริย์พระองค์ที่ 15 แห่งราชวงศ์มังราย มีเสนาอามาตย์นามว่า วิมลกิตติสร้างพระอารามแห่งนี้ขึ้น มีข้อความว่า "อาวาสนี้ อันหมื่นวิมลกิตติ ผู้เป็นมหาโยธา (ทหารผู้ใหญ่) ในนครนี้ตั้งไว้แล้ว" จากหลักฐานในศิลาจารึกวัดร่ำเปิง (ตโปทาราม) ก็ปรากฏชื่อวัดหมื่นสารเช่นกัน ระบุว่าหมื่นหนังสือวิมลกิตติสิงหละราชมนตรี ได้อุปถัมภ์วัดแห่งนี้ตลอดมา พระอารามนี้จึงได้ชื่อว่า "วัดหมื่นสาร" ตามชื่อของราชมนตรีผู้นั้น[2]

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง วัดหมื่นสารยังเคยใช้เป็นโรงพยาบาลที่ใช้รักษาทหารญี่ปุ่น ปัจจุบันมีการสร้างอนุสรณ์สถานทหารญี่ปุ่น โดยยในช่วงเดือนสิงหาคมของทุกปี ได้จัดให้มีพิธีบวงสรวงอนุสรณ์สถานทหารญี่ปุ่น นอกจากนั้นยังมีการทำความสะอาดอนุสรณ์สถานปีละ 3 ครั้ง คือ เดือนมีนาคม สิงหาคม และธันวาคม เป็นประจำอีกด้วย[3]