วัดอุปนันทาราม จัดการปกครองภายในวัด โดยมีกติกาของวัด กำหนดให้พระภิกษุสามเณรปฏิบัติตามพระวินัยอย่างเคร่งครัด เพื่อให้หมู่คณะของพระสงฆ์อยู่กันอย่างเรียบร้อยเป็นที่น่าเลื่อมใส และเพื่อความเรียบร้อยของการบริหารและการปกครองโดยคำนึงถึงความคล่องตัว รวดเร็ว จึงได้แต่งตั้งผู้ช่วยเจ้าอาวาสไว้ช่วยงาน ๔ ด้าน คือ ด้านการปกครอง ด้านการศึกษา ด้านสาธารณูปการ และด้านการเผยแผ่ พร้อมทั้งเลขานุการเจ้าอาวาส เพื่อดำเนินนโยบายตามอำนาจและหน้าที่ของเจ้าอาวาส

เจ้าอาวาสตั้งแต่แรกสร้างวัดจนถึงปัจจุบัน มีดังนี้

1. พระครูศีลพงษ์คณารักษ์ (บรรณ พุทฺธสโ ร) (พ.ศ. ๒๔๓๖ - พ.ศ. ๒๔๖๓) เจ้าอาวาสรูปแรก , เจ้าคณะจังหวัดระนองรูปแรก
2. พระครูศีลพงษ์คณารักษ์ (ผุด สุทธางกูร) (พ.ศ. ๒๔๖๓ - พ.ศ. ๒๔๗๒) เจ้าคณะจังหวัดระนองรูปที่ ๒ ภายหลังได้ลาสิกขากลับไปรับราชการเป็นศึกษาธิการจังหวัดภูเก็ต
3. พระระณังควินัยมุนีวงศ์ (พลอย ธมฺมโชโต รัตนดิลก ณ ภูเก็ต) (พ.ศ. ๒๔๗๒-พ.ศ. ๒๕๑๗) เจ้าคณะจังหวัดระนองรูปที่ ๓ พระราชาคณะรูปแรกของระนอง และเป็นพระราชาคณะชั้นราชรูปแรกของระนองด้วย (ในราชทินนามเดิม) หลวงพ่อเจ้าคุณเป็นผู้ชักชวนนายปั่น เสน่ห์เจริญมาช่วยสอนหนังสือ และเป็นอุปัชฌาย์จารย์ของสามเณรปั่น เสน่ห์เจริญ (พระพรหมมังคลาจารย์ ปัญญานันทะภิกขุ)
4. พระระณังควินัยมุนี (เรวัต (บุญให้) สีลวฑฺฒโน อรุณวิมล) (พ.ศ. ๒๕๑๗-พ.ศ. ๒๕๓๕) เจ้าคณะจังหวัดระนองรูปที่ ๔
5. พระครูอุปนันทโสภณ (โสภณ โสภโณ ชุ่มชื่น) (พ.ศ. ๒๕๓๖ - ปัจจุบัน) เจ้าคณะอำเภอเมืองระนอง
   1. พระครูวิมลกิจจาภรณ์ (กิตติภัทร กิตฺติภทฺโท) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสฝ่ายปกครอง
   2. พระครูปลัดกิตติศักดิ์ อติเมโธ ผู้ช่วยเจ้าอาวาสฝายการศาสนศึกษา , เลขานุการเจ้าคณะอำเภอเมืองระนอง