วัดเกาะพญาเจ่ง สร้างขึ้นตั้งแต่ปี พ.ศ. 2318 และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ. 2330 ต่อมาเจ้าพระยามหาโยธา (ทอเรียะ คชเสนี) ได้บูรณะและสร้างวัดต่อจากเจ้าพระยามหาโยธา (เจ่ง คชเสนี) ผู้เป็นบิดา เดิมเมื่อแรกสร้างเรียกว่าวัดเกาะหรือวัดเกาะบางพูด เนื่องจากอยู่ใกล้คลองบางพูด เมื่อมีชุมชนชาวมอญอพยพเข้ามาบริเวณนี้จึงถูกเรียกว่า วัดเกาะรามัญ ต่อมาหลวงบริณัยจรรยาราษฎร์ (มณฑล คชเสนี) ผู้สืบสกุลของเจ้าพระยามหาโยธา (เจ่ง) เปลี่ยนชื่อวัดเป็นวัดเกาะพญาเจ่งเพื่อเป็นอนุสรณ์แก่บรรพบุรุษ[1][3]

เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2423 เกิดเหตุการณ์เรือสมเด็จพระนางเจ้าสุนันทากุมารีรัตน์ พระบรมราชเทวี อัครมเหสีในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ล่มลง ณ ตำบลบางพูด สร้างความโทมนัสยิ่งมาสู่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งต่อมาพระองค์ได้ทรงโปรดให้สร้างอนุสรณ์สถานเจดีย์ด้านทิศเหนือของวัดเกาะพญาเจ่ง เป็นเจดีย์ทรงกลมขนาดใหญ่ตั้งอยู่บนฐานทรงกลมสูงมีซุ้มโค้งตามทิศทั้งสี่ ภายในฐานเจดีย์ประดิษฐานพระพุทธรูปพระศรีอาริย์สี่องค์ หันพระพักตร์ไปทางทิศทั้งสี่ โดยมีคำจารึกหน้าพระเจดีย์ มีข้อความว่า[4][2]

พ.ศ. 2554 กรมศิลปากร ประกาศขึ้นทะเบียนและกำหนดเขตที่ดินโบราณสถาน ตามราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๑๕ ตอนพิเศษ ๓ ง ลงวันที่ ๑๓ มกราคม ๒๕๔๑[1]

พระอุโบสถก่ออิฐถือปูน จิตรกรรมฝาผนังภายในมีการเขียนภาพพระอดีตพุทธเจ้าอยู่ร่วมกับภาพเทพชุมนุม ไตรภูมิ และทศชาติชาดก ฝีมือสกุลช่างรัชกาลที่ 3[5] ประดิษฐานพระพุทธรูปปางมารวิชัย มีพระอัครสาวกนั่งพนมมืออยู่สองข้าง และมีพระพุทธรูปปางห้ามญาติอีกสามองค์ นอกจากนี้ยังมีพระพุทธรูปปางปรินิพพาน แสดงปาฏิหาริย์ของพระพุทธเจ้า ที่ทรงยื่นพระบาทออกนอกหีบพระบรมศพ ให้พระมหากัสสปะได้ถวายอภิวาทเป็นองค์สุดท้าย ก่อนถวายพระเพลิงพระพุทธสรีระ โดยหีบด้านข้างเปิดให้เห็นพระพุทธรูปครบองค์ต่างจากที่อื่น[6][5]