ปีพ.ศ. 2042 ราชวงศ์มังรายแห่งอาณาจักรล้านนาเกิดว่างกษัตริย์ พระนางจิระประภามหาเทวีผู้เป็นพระอัครมเหสีในพระเมืองเกษเกล้า ได้ขึ้นครองราชย์เป็นกษัตริย์หญิงเพียง1ปี บ้านเมืองก็เกิดระส่ำระส่าย ถูกอาณาจักรรอบข้างรุกราน และในยุคที่บุเรงนองเป็นผู้ชนะ10ทิศ พระนางจิระประภาจึงเชื่อมสัมพันธ์กับอาณาจักรอยุธยา และอาณาจักรล้านช้างให้แน่นแฟ้น แต่พระองค์ครองราชย์ได้เพียง1ปีจึงสละราชบัลลังก์ และทูลเชิญพระไชยเชษฐาจากเมืองหลวงพระบางแห่งอาณาจักรล้านช้างลงมาปกครองแทน เนื่องจากพระนางยอดคำทิพย์พระอัครมเหสีในพระเจ้าโพธิสารราชแห่งอาณาจักรล้านช้าง หรือผู้เป็นแม่ของพระไชยเชษฐา พระราชธิดาของพระนางจิระประภา จึงเห็นว่าหลานชายของตนมีสายเลือดล้านนา จึงให้มาปกครองเชียงใหม่ แต่พระไชยเชษฐาปกครองได้เพียง1ปี พระราชบิดาเกิดสวรรคตกระทันหัน พระไชยเชษฐาจึงต้องกลับไปเถลิงราชสมบัติครองราชย์ล้านนา พระองค์จึงอัญเชิญพระแก้วมรกตกับพระพุทธสิหิงค์จากเชียงใหม่กลับไปหลวงพระบางด้วย หลังจากนั้นพระองค์ก็เริ่มสร้างวัดเชียงทองขึ้นในใจกลางกรุงหลวงพระบาง

หลังจากนั้นเพียงไม่นาน ทั้งอาณาจักรล้านนา อาณาจักรล้านช้าง และอาณาจักรอยุธยา ต่างก็ตกเป็นเมืองขึ้นของหงสาวดี พระไชยเชษฐาทรงย้ายเมืองหลวงหนีลงไปสร้างนครหลวงเวียงจันทน์เป็นราชธานีแห่งใหม่ เมืองหลวงพระบางจึงปล่อยทิ้งร้างและหมดบทบาทลง พระแก้วมรกตถูกอัญเชิญลงมานครหลวงเวียงจันทน์ด้วย ส่วนพระพุทธสิหิงค์ทรงคืนให้กลับเชียงใหม่

ในปี พ.ศ. 2250 อาณาจักรล้านช้างแตกเป็น 3 ฝ่าย คือ อาณาจักรล้านช้างหลวงพระบาง, อาณาจักรล้านช้างเวียงจันทน์, และอาณาจักรล้านช้างจำปาศักดิ์ เมืองหลวงพระบางจึงกลับมามีอำนาจอีกครั้ง ไม่ขึ้นตรงต่ออาณาจักรลาวเวียงจันทน์และจำปาศักดิ์ และได้มีการซ่อมแซมวัดเชียงทองเรื่อยมาทุกรัชกาล จึงเกิดลวดลายที่มีเอกลักษณ์ต่างจากนครเวียงจันทน์และจำปาศักดิ์ วัดเชียงทองจึงถึงถือเป็นวัดประจำราชวงศ์ลาวหลวงพระบาง และเป็นสุดยอดแห่งสถาปัตยกรรมลาวล้านช้าง มีลวดลายที่วิจิตรตระการตา