หลังพระพุทธเจ้าเสด็จปรินิพพาน วัดเวฬุวันได้รับการดูแลมาตลอด โดยเฉพาะมูลคันธกุฎีที่มีพระสงฆ์เฝ้าดูแลทำการปัดกวาดเช็ดถูปูลาดอาสนะและปฏิบัติต่อสถานที่ ๆ พระพุทธเจ้าเคยประทับอยู่ทุก ๆ แห่ง เหมือนสมัยที่พระพุทธองค์ทรงพระชนม์ชีพอยู่มิได้ขาด โดยมีการปฏิบัติเช่นนี้ติดต่อกันกว่าพันปี

แต่จากเหตุการณ์ย้ายเมืองหลวงแห่งแคว้นมคธหลายครั้งในช่วง พ.ศ. 70 ที่เริ่มจากอำมาตย์และราษฎรพร้อมใจกันถอดกษัตริย์นาคทัสสก์แห่งราชวงศ์ของพระเจ้าพิมพิสารออกจากพระราชบัลลังก์ และยกสุสูนาคอำมาตย์ซึ่งมีเชื้อสายเจ้าลิจฉวีในกรุงเวสาลีแห่งแคว้นวัชชีเก่า ให้เป็นกษัตริย์ตั้งราชวงศ์ใหม่แล้ว พระเจ้าสุสูนาคจึงได้ทำการย้ายเมืองหลวงของแคว้นมคธไปยังเมืองเวสาลีอันเป็นเมืองเดิมของตน และกษัตริย์พระองค์ต่อมาคือพระเจ้ากาลาโศกราช ผู้เป็นพระราชโอรสของพระเจ้าสุสูนาค ได้ย้ายเมืองหลวงของแคว้นมคธอีก จากเมืองเวสาลีไปยังเมืองปาตลีบุตร ทำให้เมืองราชคฤห์ถูกลดความสำคัญลงและถูกทิ้งร้าง ซึ่งเป็นสาเหตุสำคัญที่ทำให้วัดเวฬุวันขาดผู้อุปถัมภ์และถูกทิ้งร้างอย่างสิ้นเชิงในช่วงพันปีถัดมา[8]

โดยปรากฏหลักฐานบันทึกของหลวงจีนฟาเหียน (Fa-hsien) ที่ได้เข้ามาสืบศาสนาในพุทธภูมิในช่วงปี พ.ศ. 942 - 947 ในช่วงรัชสมัยของพระเจ้าจันทรคุปต์ที่ ๒ (พระเจ้าวิกรมาทิตย์) แห่งราชวงศ์คุปตะ ซึ่งท่านได้บันทึกไว้ว่า เมืองราชคฤห์อยู่ในสภาพปรักหักพัง แต่ยังทันได้เห็นมูลคันธกุฎีวัดเวฬุวันปรากฏอยู่ และยังคงมีพระภิกษุหลายรูปช่วยกันดูแลรักษาปัดกวาดอยู่เป็นประจำ แต่ไม่ปรากฏว่ามีการบันทึกถึงสถานที่เกิดเหตุการณ์จาตุรงคสันนิบาตแต่ประการใด

แต่หลังจากนั้นประมาณ 200 ปี วัดเวฬุวันก็ถูกทิ้งร้างไป ตามบันทึกของพระถังซำจั๋ง (Hiuen-Tsang) ​ซึ่งได้จาริกมาเมืองราชคฤห์ราวปี พ.ศ. 1300 ซึ่งท่านบันทึกไว้แต่เพียงว่า ท่านได้เห็นแต่เพียงซากมูลคันธกุฎีซึ่งมีกำแพงและอิฐล้อมรอบอยู่เท่านั้น (ในสมัยนั้นเมืองราชคฤห์โรยราถึงที่สุดแล้ว พระถังซำจั๋งได้แต่เพียงจดตำแหน่งที่ตั้งทิศทางระยะทางของสถูปและโบราณสถานเก่าแก่อื่น ๆ ในเมืองราชคฤห์ไว้มาก ทำให้เป็นประโยชน์แก่นักประวัติศาสตร์และนักโบราณคดีในการค้นหาโบราณสถานต่าง ๆ ในเมืองราชคฤห์ในปัจจุบัน)

จุดแสวงบุญและสภาพของวัดเวฬุวันในปัจจุบัน

ปัจจุบันหลังถูกทอดทิ้งเป็นเวลากว่าพันปี และได้รับการบูรณะโดยกองโบราณคดีอินเดียในช่วงที่อินเดียยังเป็นอาณานิคมของอังกฤษ วัดเวฬุวัน ยังคงมีเนินดินโบราณสถานที่ยังไม่ได้ขุดค้นอีกมาก สถานที่สำคัญ ๆ ที่พุทธศาสนิกชนในปัจจุบันนิยมไปนมัสการคือ "พระมูลคันธกุฎี" ที่ปัจจุบันยังไม่ได้ทำการขุดค้น เนื่องจากมีกุโบร์ของชาวมุสลิมสร้างทับไว้ข้างบนเนินดิน, "สระกลันทกนิวาป" ซึ่งปัจจุบันรัฐบาลอินเดียได้ทำการบูรณะใหม่อย่างสวยงาม, และ "ลานจาตุรงคสันนิบาต" อันเป็นลานเล็ก ๆ มีซุ้มประดิษฐานพระพุทธรูปยืนปางประทานพรอยู่กลางซุ้ม ลานนี้เป็นจุดสำคัญที่ชาวพุทธนิยมมาทำการเวียนเทียนสักการะ (ลานนี้เป็นลานที่กองโบราณคดีอินเดียสันนิษฐานว่าพระพุทธองค์ทรงแสดงโอวาทปาฏิโมกข์ในจุดนี้) [9]