พระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาได้กล่าวถึงวัดโคกพระยาไว้หลายช่วง โดยส่วนมากจะกล่าวถึงในฐานะที่ใช้เป็นสถานที่ที่ใช้ในการสำเร็จโทษพระมหากษัตริย์และพระบรมวงศานุวงศ์ในสมัยกรุงศรีอยุธยา เช่น

• สมเด็จพระเจ้าทองลัน พระมหากษัตริย์พระองค์ที่ 4 แห่งกรุงศรีอยุธยา
• พระรัษฎาธิราช พระมหากษัตริย์พระองค์ที่ 12 แห่งกรุงศรีอยุธยา
• พระยอดฟ้า พระมหากษัตริย์พระองค์ที่ 14 แห่งกรุงศรีอยุธยา
• พระศรีเสาวภาคย์ พระมหากษัตริย์พระองค์ที่ 20 แห่งกรุงศรีอยุธยา
• พระพันปีศรีศิลป์ พระอนุชาในสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม ถูกสำเร็จโทษโดยออกญากลาโหมสุริยวงศ์ หรือพระเจ้าปราสาททอง
• สมเด็จพระเชษฐาธิราช พระมหากษัตริย์พระองค์ที่ 22 แห่งกรุงศรีอยุธยา
• สมเด็จเจ้าฟ้าไชย พระมหากษัตริย์พระองค์ที่ 25 แห่งกรุงศรีอยุธยา
• สมเด็จพระศรีสุธรรมราชา พระมหากษัตริย์พระองค์ที่ 26 แห่งกรุงศรีอยุธยา
• เจ้าพระขวัญ พระราชโอรสในสมเด็จพระเพทราชาที่ประสูติแต่กรมหลวงโยธาทิพ
• เจ้าฟ้าอภัยและเจ้าฟ้าปรเมศร์ พระราชโอรสในสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระ
• พระองค์เจ้าชื่นและพระองค์เจ้าเกิด พระราชบุตรในกรมพระราชวังบวรเสนาพิทักษ์
• กรมหมื่นจิตรสุนทร กรมหมื่นสุนทรเทพ และกรมหมื่นเสพภักดี (เจ้าสามกรม) พระราชโอรสในสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ