วัดโคนอนสร้างราวปี พ.ศ. 2300 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2515[1] สันนิษฐานว่าเป็นวัดโบราณสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย[2] โดยสันนิษฐานได้จากอุโบสถหลังเก่าซึ่งเป็นแบบมหาอุด รวมถึงตู้พระไตรปิฎกลายรดน้ำ แต่ประวัติที่แท้จริงของวัดยังไม่ทราบแน่ชัดว่าสร้างขึ้นในสมัยใดและใครเป็นผู้สร้าง แต่มีหลักฐานกล่าวถึงวัดโคนอนในสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวว่า พระภาวนาโกศลเถระ (เจ้าคุณรอด) เจ้าอาวาสวัดนางนองซึ่งมีสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะชั้นสามัญ ถูกตำหนิโทษและถอดออกจากสมณศักดิ์และถอดจากตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดนางนอง เป็นพระภิกษุรอด ท่านจึงย้ายมาอยู่วัดโคนอน พระปลัดเอี่ยม สุวณฺณสโร ผู้เป็นศิษย์และพระฐานานุกรม ได้ย้ายติดตามท่านอาจารย์มาอยู่วัดโคนอนด้วย และได้มาเป็นเจ้าอาวาสสืบแทนอาจารย์รอด