วัดโพธิ์แมนสร้างตามหลักฮวงจุ้ย ลักษณะรถม้ากำลังลากราชรถ ซึ่งประตูทางเข้าวัดมีซุ้มประตู 5 ประตูเปรียบเหมือนม้าห้าตัว กำลังลากราชรถ คือพระอุโบสถ อันมีพระศรีศากยมุนีพุทธเจ้าเป็นประธาน ตัวพระอุโบสถเป็นลักษณะผสมผสานระหว่าง พุทธศิลป ไทย จีน และธิเบต พระอุโบสถเป็นรูปทรงจีน พื้นหินขัดลายจีน สถาปัตยกรรมของวัดโพธิ์แมนเป็นฝีมือออกแบบโดยเจ้าคุณโพธิ์แจ้งมหาเถระ อดีตเจ้าคณะใหญ่สงฆ์นิกายจีน สำหรับถาวรวัตถุที่สำคัญๆของวัดมีอุโบสถ 3 ชั้น ยอดเป็นฉัตรเจดีย์บรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ภายในประดิษฐาน “พระพุทธวัชรโพธิคุณ” ปิดทองเหลืองอร่าม พร้อมด้วยหมู่พระพุทธรูป 1,000 องค์ ซึ่งประดิษฐานอยู่บนเพดานทั้ง 3 ชั้นของอุโบสถ ฝาผนัง 2 ข้าง เป็นจิตรกรรมกระเบื้องโมเสครูปพระอรหันต์ 500 องค์

อีกด้านหนึ่งเป็นเรื่องราวเกี่ยวกับการออกบิณฑบาตร โปรดสัตว์ในกรุงสาวัตถีประเทศอินเดียสมัยพุทธกาล ฐานและขั้นเป็นหินอ่อนอิตาลี เสาเป็นลวดลายตัวมังกร สลักปิดทอง หน้าพระอุโบสถ ประดิษฐานพระปรมาภิไธยย่อ “ภปร” รอบอุโบสถล้อมด้วยลูกกรงแก้ว มีเสมาหินอ่อนและแกะสลักด้วยรูปท้าวจตุโลกบาลทั้งสี่ และเครื่องหมายรูปวัชระธิเบต ด้านหน้าอุโบสถเป็นมหาวิหารท้าวจตุโลกบาลทั้งสี่ทิศ ภายในประดิษฐานพระศรีอารยเมตตรัยโพธิสัตว์ และท้าวจตุโลกบาลทั้งสี่ ด้านหน้ามหาวิหารจารึกอักขระภาษาจีนธิเบต แกะสลักด้วยไม้สักปิดทอง

ด้านหลังอุโบสถเป็นวิหารบูรพาจารย์ ประดิษฐานสรีระร่างท่านเจ้าคณะใหญ่โพธิ์แจ้ง มหาเถระซึ่งนั่งสมาธิดับขันธ์ นอกจากนี้ ยังมีวิหารพระอวโลกิเตศวรโพธิสัตว์ (พระกวนอิมโพธิสัตว์) ปางสหัสกร ปางสหัสเนตร (พันมือ พันตา) ซึ่งเป็นวัตถุโบราณ แกะสลักด้วยไม้จันทน์หอมจากเมืองจีน สมัยราชวงศ์ถัง (อายุประมาณ 1,300 ปี) วิหารปรมจารย์ วิหารบรรพชน หอศึกษาปริยธรรม ประภาศวิทยาคาร ห้องสมุด หออาคันตุกะ หอวัตถุธรรม สำนักงานคณะกรรมการสงฆ์จีนนิกายแห่งประเทศไทย พร้อมด้วยหมู่กุฏิสงฆ์ เรียงรายอยู่อย่างเป็นระเบียบ ทางเดินส่วนใหญ่เป็นหินขัด ด้านนอกมีเจดีย์ทรงญี่ปุ่น 3 ชั้น ศาลาพระพรหม ประตูมังกร 9 ขด องค์พระปัทมคุรุสมภพวัชรจารย์ธิเบต เจดีย์ 7 ชั้นทรงจีน ศาลาเยาวราช วัชรเจดีย์ทรงธิเบตในอดีตเป็นสถานที่บรรจุสรีระของท่านเจ้าคุณโพธิ์แจ้งมหาเถระ

ด้านขวาของพระอุโบสถเป็นอาคารสำนักงานเจ้าคณะใหญ่จีนนิกายแห่งประเทศไทย ภายในจัดแสดง วัตถุโบราณล้ำค่ามากมาย เช่น พระพุทธรูป และพระโพธิสัตว์ และหยกแกะสลักเป็นพระโพธิสัตว์ห้าร้อยพระองค์ ตราประจำตำแหน่งพระสังฆนายกนิกายมนตรายาน คธาธุดงค์ พัดยศงาช้าง เป็นต้น

ถ้ดมาเป็นห้องเก็บพัดยศ อัฐบริขารฝ่ายมหายาน และ ห้องเก็บพระคัมภีร์ มนตรา ฝ่ายมหายาน ประตูด้านหน้าหอเก็บทาด้วยสีดำลงรักเขียนด้วยทองคำเป็นรูปภาพต่าง ๆ สวยงามมาก

หอพระไตรปิฏกฉบับมหายาน ซึ่งเป็นหอพระไตรปิฏกสำคัญที่สุดของโลก คือ เป็นสถานที่ประดิษฐานพระไตรปิฎกภาษาบาลี พระไตรปิฎกภาษาจีน และพระไตรปิฎกภาษาทิเบต ซึ่งสิ่งล้ำค่าที่สุดในนี้คือพระไตรปิฏกฉบับจักรพรรดิเหลียงอู่ ซึ่งในโลกนี้มีแค่ 3 ที่เท่านั้นที่มีการเก็บรักษาอยู่จนถึงปัจจุบัน

และสิ่งล้ำค่าอีกอย่างหนึ่งคือพระคัมภีร์ของวัชรยาน (ทิเบต) นิกายมนตรายาน ในโลกนี้มีที่นี่ที่เดียวที่สมบูรณ์ที่สุด ซึ่งท่านเจ้าคุณโพธิ์แจ้งได้อัญเชิญมาจากทิเบต ตามคำสั่งของท่านอาจารย์นอร่ารินโปเช่ ก่อนที่ทิเบตจะแตก 3 ปี