เริ่มก่อตั้งโดยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสร้างพระราชอุทิศสมเด็จพระนางเจ้าโสมนัสวัฒนาวดี เมื่อปี พ.ศ. 2396 ทรงวางศิลาฤกษ์พระอุโบสถวิสุงคามสีมาอุโบสถ เมื่อวันที่ 15 มกราคม พ.ศ. 2396 (จ.ศ. 1215) ครั้นสิ่งก่อสร้างสำเร็จลงบ้าง พอเป็นที่อาศัยจำพรรษาของภิกษุสามเณรได้ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงอาราธนาพระอริยมุนี (ทับ พุทฺธสิริ) จากวัดราชาธิวาสราชวรวิหาร พร้อมด้วยพระสงฆ์ราว 40 รูปโดยขบวนแห่ทางเรือ เสด็จมาประทับที่กุฎี ภายหลังทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ เลื่อนตำแหน่งพระอริยมุนีเป็นพระพรหมมุนี ในปี พ.ศ. 2415 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ เลื่อนตำแหน่งพระพรหมมุนีเป็นพระพิมลธรรม ในปีเถาะ พ.ศ. 2422 และได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ สถาปนาพระพิมลธรรมเป็นสมเด็จพระวันรัต ต่อมาสมเด็จพระวันรัตได้ก่อสร้างสิ่งที่ยังไม่แล้วเสร็จให้เสร็จสมบูรณ์มากยิ่งขึ้น ท่านได้สร้างและเชิญพระสัมพุทฺธสิริมาจากวัดราชาธิวาสคราวยกวัด เพื่อมาเป็นพระประธานภายในพระอุโบสถ และพระสัมพุทธโสมนัสวัฒนาวดีนาถบพิตร (พระประธานในวิหาร) และพระอัครสาวก เป็นของหลวงเชิญมาจากพระบรมมหาราชวัง