วัดไชยวัฒนาราม ได้สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2173 โดยสมเด็จพระเจ้าปราสาททอง พระองค์โปรดเกล้าฯ ให้สร้างขึ้นบนที่ที่เป็นบ้านเดิมของพระองค์เพื่ออุทิศพระราชกุศลถวายพระราชมารดา แต่ สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงสันนิษฐานว่าวัดนี้สร้างขึ้นเพื่อเป็นอนุสรณ์แห่งชัยชนะเหนือนครละแวกโดยจำลองแบบมาจากปราสาทนครวัด

วัดไชยวัฒนารามเป็นวัดหลวงที่บำเพ็ญพระราชกุศลของพระมหากษัตริย์สืบต่อมาหลังจากนั้นทุกพระองค์ จึงได้รับการปฏิสังขรณ์สืบต่อมาทุกรัชสมัย เป็นสถานที่ถวายพระเพลิงศพพระบรมวงศานุวงศ์เกือบทุกพระองค์ สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศสิ้นพระชนม์ก็ได้ถวายพระเพลิงที่วัดนี้

ก่อนกรุงแตก พ.ศ. 2310 วัดไชยวัฒนารามถูกแปลงเป็นค่ายตั้งรับศึก หลังการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง วัดไชยวัฒนารามได้ถูกปล่อยทิ้งให้ร้างเรื่อยมา บางครั้งมีผู้ร้ายเข้าไปลักลอบขุดหาสมบัติ เศียรพระพุทธรูปถูกตัดขโมย มีการรื้ออิฐที่พระอุโบสถ และกำแพงวัดไปขาย แต่ในปี พ.ศ. 2530 กรมศิลปากรจึงได้เข้ามาอนุรักษ์จนแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2535