เมื่อปี พ.ศ. 2503 ศาสตราจารย์นายแพทย์กษาณ จาติกวณิช ผู้อำนวยการโรงพยาบาลศิริราช มีดำริให้จัดทำของที่ระลึกขึ้น เพื่อมอบเป็นสิ่งตอบแทน แก่ผู้บริจาคช่วยเหลือผู้ป่วยยากไร้ของโรงพยาบาล เป็นธงรูปสามเหลี่ยม ทำจากผ้าต่วนสีขาว พิมพ์ภาพพระราชานุสาวรีย์ สมเด็จฯ พระบรมราชชนก ล้อมรอบด้วยอักษรข้อความ "ที่ระลึกวันมหิดล - วันที่ ๒๔ กันยายน" อยู่ส่วนบน และข้อความ "โรงพยาบาลศิริราช" อยู่ส่วนล่าง โดยทั้งหมดเป็นสีเขียว สำหรับผู้บริจาคตั้งแต่ 10 บาทขึ้นไป และแถบริบบินสีต่างๆ พิมพ์ภาพ(อยู่ซ้ายมือ)และข้อความ(เป็นแนวตรงเรียงแถวสามบรรทัดอยู่ขวามือ)เช่นเดียวกับบนผืนธง สำหรับผู้บริจาคตั้งแต่ 1 บาทขึ้นไป ซึ่งทางโรงพยาบาลมอบหมายให้สโมสรนักศึกษาแพทย์ จัดสรรแก่หน่วยนักศึกษาแพทย์และนักเรียนพยาบาล ที่อาสาออกรับเงินบริจาคในวันที่ 24 กันยายนเพียงวันเดียว แต่ก็ได้รับบริจาคมาเป็นเงิน 69,758 บาท 45 สตางค์[3]

ในปีถัดมา (พ.ศ. 2504) มีการผลิตธงเพิ่มเป็นสามขนาด โดยจะมอบธงขนาดใหญ่ ให้แก่ผู้บริจาคตั้งแต่ 50 บาทขึ้นไป พร้อมทั้งเพิ่มธงสีเขียว พิมพ์ภาพและข้อความด้วยสีขาว อีกลักษณะหนึ่งด้วย จากนั้นเมื่อปี พ.ศ. 2509 จึงเริ่มใช้สีธงตามวันในสัปดาห์ที่ตรงกับวันที่ 24 กันยายน โดยในปีนั้นตรงกับวันเสาร์ จึงผลิตธงด้วยผ้าสักหลาดสีม่วงขึ้นเป็นครั้งแรก และใช้หลักการดังกล่าวมาจนถึงปัจจุบัน นอกจากนี้ยังเริ่มการจัดทำเสาไม้สีขาวพร้อมติดธง เพื่อมอบเป็นที่ระลึกแก่ผู้บริจาคตั้งแต่ 100 บาทขึ้นไปอีกด้วย[4] ต่อมาภายหลัง ก็ยกเลิกการผลิตริบบิน และเปลี่ยนมาเป็นแผ่นสติกเกอร์ รูปสี่เหลี่ยมจัตุรัสสีต่างๆ ซึ่งมีภาพและข้อความเช่นเดียวกันขึ้นทดแทน รวมถึงกลุ่มนักศึกษาแพทย์และนักเรียนพยาบาล ก็จัดเพิ่มวันออกหน่วยรับบริจาค เนื่องจากมีผู้บริจาคมากขึ้นเรื่อยๆ

จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2520 ธงที่ระลึกซึ่งเตรียมไว้ มีไม่เพียงพอกับการมอบให้ผู้บริจาค กลุ่มอาสามหาวิทยาลัยมหิดล (ก่อตั้งเมื่อ 10 ตุลาคม พ.ศ. 2510 ด้วยชื่อเริ่มต้นว่า กลุ่มอาสามหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์) จึงร่วมแรงร่วมใจกันช่วยจัดทำ จนมีพอเพียงกับความต้องการของผู้บริจาค ในปีต่อมา โรงพยาบาลศิริราชจึงจัดจ้างกลุ่มอาสาฯ ให้เป็นหน่วยหลักในการผลิตธงที่ระลึก มาจนถึงทุกวันนี้[5] ปัจจุบัน กิจกรรมออกหน่วยรับบริจาค ของคณะนักศึกษาแพทย์และนักเรียนพยาบาลศิริราช จะนำเงินเข้าสมทบทุนศิริราชมูลนิธิ (ก่อตั้งเมื่อ 21 สิงหาคม พ.ศ. 2512) โดยเมื่อบริจาคตั้งแต่ 2,000 บาทขึ้นไป จะได้รับธงที่ระลึกวันมหิดลขนาดใหญ่ เมื่อบริจาคตั้งแต่ 300 บาทขึ้นไป จะได้รับธงที่ระลึกวันมหิดลพร้อมเสาธง เมื่อบริจาคตั้งแต่ 20 บาท จะได้รับธงที่ระลึกวันมหิดล และเมื่อบริจาคสมทบทุน จะได้รับสติกเกอร์ที่ระลึกวันมหิดล