วันมูหะมัดนอร์ มะทา จบการศึกษาชั้นประถมศึกษา จากโรงเรียนบ้านสะเตง จังหวัดยะลา ชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น ที่โรงเรียนคณะราษฎรบำรุง จังหวัดยะลา ชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย โรงเรียนอิสลามวิทยาลัยแห่งประเทศไทย กรุงเทพมหานคร จากนั้นได้เข้าศึกษาปริญญาตรี ครุศาสตรบัณฑิต ที่จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ด้วยทุนกระทรวงมหาดไทย และสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาโท ครุศาสตรมหาบันทิต(บริหารการศึกษา) จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเช่นเดียวกัน