โฮตารุกับมิคังเป็นเพื่อนที่สนิทกันมาก ทั้งสองเติบโตในเมื่องเล็กๆแห่งหนึ่งในชนบท วันหนึ่งโฮตารุต้องออกจากโรงเรียนอย่างกะทันหัน เพื่อไปเรียนในเมืองใหญ่ ทำให้ทั้งสองต้องจากกัน มิคังคิดถึงโฮตารุมาก อยากพบโฮตารุอีก จึงพยายามเดินทางไปจนถึงโรงเรียนอลิซ ซึ่งเป็นโรงเรียนที่รวบรวมเด็กที่มีความสามารถพิเศษ โดยจะเรียกเด็กเหล่านี้ว่าว่า "อลิซ" เธอปรารถนาจะเข้าไปเรียนที่โรงเรียนแห่งนี้ให้ได้ ที่หน้าโรงเรียนนั้นเองก็เกิดเหตุ จนคุณครูในโรงเรียนอลิซต้องเข้ามาช่วยเหลือ ระหว่างนั้นคุณครูก็ได้สังเกตเห็นถึงความสามารถพิเศษของมิคัง (ซึ่งแม้แต่เจ้าตัวเองก็ไม่รู้) เธอจึงสามารถเข้าไปเรียนในโรงเรียนอลิซ และในที่สุดก็ได้พบโฮตารุเด็กสาวอัจฉริยะหน้าตาย เพื่อนสนิทที่เธอเฝ้าตามหา แต่เรื่องราวเพิ่งจะเริ่มขึ้น มิคังต้องพยายามศึกษา ให้ทราบถึงลักษณะและพัฒนาความสามารถพิเศษของตน แล้วพบกับเรื่องยุ่งๆมากมายในโรงเรียนอลิซ