การใช้เครื่องมือผู้ดูแลระบบโดยมิชอบถือเป็นประเด็นร้ายแรง เครื่องมือผู้ดูแลระบบนั้นมีไว้สำหรับผู้ใช้ที่ได้รับความไว้วางใจเพื่อการบำรุงรักษาและภารกิจอื่น และควรใช้ด้วยปัญญา การใช้เครื่องมือโดยมิชอบอาจลงเอยด้วยการลงโทษหรือกระทั่งการเพิกถอนสิทธิ์

สถานการณ์สามัญที่มักกำหนดให้หลีกเลี่ยงการใช้เครื่องมือมีดังนี้

• การขัดกันแห่งผลประโยชน์หรือความไม่เป็นกลาง – ตามปกติผู้ดูแลระบบไม่ควรใช้เครื่องมือของตนในเรื่องที่ตนเข้าไปมีส่วนเกี่ยวข้องเอง ตัวอย่างเช่น ในข้อพิพาทด้านเนื้อหาที่ตนเป็นภาคีหนึ่ง ดู ผู้ดูแลระบบที่มีส่วนเกี่ยวข้อง
• บรรทัดฐานชุมชนหรือนโยบาย – เมื่อบรรทัดฐานชุมชนหรือนโยบายชัดเจนว่าไม่ควรใช้เครื่องมือก็ไม่ควรใช้เครื่องมือโดยปราศจากคำอธิบายที่แสดงว่าไตร่ตรองเรื่องดังกล่าวแล้ว และเหตุผลที่ข้อยกเว้นควรถือว่าสมเหตุสมผลอย่างแท้จริง (พบน้อย)
• การย้อนปฏิบัติการของผู้ดูแลระบบอื่น – เฉพาะในกิริยาอาการที่เคารพผู้ดูแลระบบที่ดำเนินปฏิบัติการนั้น และหลังปรึกษาผู้ดูแลระบบคนดังกล่าวแล้ว
• การคืนปฏิบัติการผู้ดูแลระบบที่เคยถูกย้อนแล้ว – ผู้ดูแลระบบที่กระทำดังนี้อาจถึงขั้นการอนุญาโตตุลาการและถอดถอนผู้ดูแลระบบแม้กระทำเป็นครั้งแรก

แม้เมื่อการใช้เครื่องมือดูสมควรแก่เหตุ หากมีข้อสงสัยที่สมเหตุผลควรถามผู้ดูแลระบบที่ไม่มีส่วนได้เสียคนอื่นเพื่อทบทวนและลงมือ (หากชอบ) จะดีกว่า