วิงกันดั้มซีโร่ได้รับการออกแบบใหม่อีกครั้งใน OVA กันดั้มวิง เอนด์เลสวอลซ์โดยฮาจิเมะ คาโทกิ ในมังงะภาคเสริมจะใช้วิงกันดั้มซีโร่ที่ออกแบบใหม่นี้แทนแบบของภาคโทรทัศน์ ในวิดีโอเกมและโมเดลคิทมักเรียกวิงกันดั้มซีโร่ที่ออกแบบใหม่นี้ว่าวิงกันดั้มซีโร่คัสตอมหรือวิงซีโร่คัสตอมเพื่อไม่ให้สับสนกับแบบของภาคโทรทัศน์

ลักษณะที่เปลี่ยนแปลงไปอย่างเห็นได้ชัดที่สุดก็คือปีกด้านหลังของวิงกันดั้มซีโร่ซึ่งกลายเป็นแบบปีกขนนกของเทวทูตสี่ข้าง ในขนนกของปีกนี้ติดตั้งไอพ่นขนาดเล็กไว้เป็นจำนวนมาก และปีกสามารถกลายเป็นเกราะกำบังได้ วิงกันดั้มซีโร่จึงสามารถบินในชั้นบรรยากาศโลกได้โดยไม่ต้องแปลงร่างเป็นนีโอเบิร์ดโหมด ปีกนี้ยังใช้เป็นโล่ป้องกันความร้อนขณะเข้าสู่ชั้นบรรยากาศโลกจึงมีความทนทานสูง วิงกันดั้มซีโร่ที่ออกแบบใหม่นี้ไม่มีโล่และปืนวัลแคนติดปีก แต่ทวินบัสเตอร์ไรเฟิลได้เปลี่ยนรูปร่างให้มีขนาดใหญ่ขึ้น