วิฑูรย์ นามบุตร สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี สาขานิติศาสตร์ จาก มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2529 และปริญญาโทรัฐประศาสนศาสตร์ จากสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2540

เมื่อครั้งเป็นนักศึกษาเคยทำกิจกรรมในพรรคแสงธรรม องค์การนักศึกษา และสภานักศึกษามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นนักศึกษาร่วมรุ่นกับ สมคิด เลิศไพฑูรย์, อภิชาติ ดำดี, วสันต์ ภัยหลีกลี้, สุรพล นิติไกรพจน์, นพดล ปัทมะ, อัญชลี วานิช เทพบุตร และบุญสม อัครธรรมกุล[2]