วิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ มีประวัติการก่อตั้ง ดังนี้

• พ.ศ. 2558 สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ในคราวประชุมครั้งที่ ครั้งที่ 213 (11/2558) วันที่ 29 พฤศจิกายน 2558 ระเบียบวาระที่ 6.6 การขออนุมัติจัดตั้งวิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ   ได้มีมติเห็นชอบให้ดำเนินการในลักษณะโครงการจัดตั้งวิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ และมหาวิทยาลัยได้มอบหมายให้ ผศ.ดร.นพ.ภูดิท เตชาติวัฒน์ ทำหน้าที่ในการดำเนินการโครงการจัดตั้งวิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ

• พ.ศ. 2559
  • โครงการจัดตั้งวิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ จัดการประชุมปรึกษาหารือผู้ทรงคุณวุฒิทั้งภายในประเทศและภายนอกประเทศ เพื่อให้ข้อเสนอแนะและแนวทางในการดำเนินงานของโครงการฯเพื่อให้สามารถตอบสนองต่อความต้องการของประเทศและนานาประเทศในภูมิภาคอาเซียนและเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ โดยมีผู้ทรงคุณวุฒิ เช่น ศ.นพ.วิจารณ์ พานิช อดีตนายกสภามหาวิทยาลัยมหิดล นพ.สมศักดิ์ ชุณหรัศมิ์ อดีตรมช.สาธารณสุข นพ.วิวัฒน์ โรจนพิทยากร อดีตผู้แทนองค์การอนามัยโลกประจำประเทศมองโกเลีย และรางวัลเจ้าฟ้ามหิดล รศ.ดร.พญ.อรพินท์ สิงหเดช อดีตผู้แทนองค์การอนามัยโลกประจำประเทศภูฏาน รศ.ดร.พัชรินทร์ สิรสุนทร อดีตคณบดีคณะสังคมศาสตร์ ม.นเรศวร และผู้ทรงคุณวุฒิจากประเทศออสเตรเลีย เช่น Adjunct Professor Dr. David Briggs Professor Dr. Mary Cruickshank และ Dr. Zhanming Liang เป็นต้น
  • วันที่ 17 มีนาคม 2559 มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้มีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการร่างหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา โดยมี นายแพทย์วิวัฒน์ โรจนพิทยากร ผู้ทรงคุณวุฒิภายนอกเป็นประธาน โดยมีการประชุมเมื่อวันที่  28 มีนาคม 2559 และได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการวิพากษ์หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต และหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาการจัดการระบบสุขภาพ (หลักสูตรนานาชาติ) โดยมี ดร.นายแพทย์สัมฤทธิ์ ศรีธำรงสวัสดิ์ ผู้ทรงคุณวุฒิภายนอก เป็นประธาน โดยมีการประชุมเมื่อวันที่ 27 เมษายน 2559 และได้มีมติให้ความเห็นชอบและอนุมัติดำเนินการเปิดหลักสูตร จากที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 220 (6/2559)  เมื่อวันที่ 28 สิงหาคม 2559 ระเบียบวาระที่ 6.13 การขอความเห็นชอบหลักสูตร จำนวน 2 หลักสูตร ของวิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ  
  • วันที่ 31 กรกฎาคม 2559 สภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ 219 (5/2559) วาระที่ 6.11 การขอความเห็นชอบจัดตั้งวิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ ได้มีมติอนุมัติให้จัดตั้งวิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ โดยมีสถานะเทียบเท่าคณะ โดยมหาวิทยาลัยได้มอบหมายให้ ผศ.ดร.นพ.ภูดิท เตชาติวัฒน์ เป็นผู้รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการวิทยาลัยฯ  เพื่อทำหน้าที่บริหารจัดการวิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ และนางสิริพร จันทร์บรรจง เป็นรักษาการในตำแหน่งหัวหน้าสำนักงานเลขานุการวิทยาลัยฯ
  • พฤศจิกายน 2559 ดำเนินการเปิดรับสมัครนิสิตในระดับบัณฑิตศึกษา ทั้งในระดับปริญญาโท และปริญญาเอก โดยมหาวิทยาลัยนเรศวรสนับสนุนทุนการศึกษา (Full Scholarships) จำนวน 5 ทุนการศึกษา

• พ.ศ. 2560
  • กุมภาพันธ์ 2560 เปิดดำเนินการจัดการเรียนการสอน หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต และปรัชญาดุษฏีบัณฑิต สาขาการจัดการระบบสุขภาพ (หลักสูตรนานาชาติ) โดยมีนิสิตต่างชาติจำนวน 5 คน ศึกษาในระดับปริญญาโท 4 คนและระดับปริญญาเอก 1 คน จากประเทศ ภูฏาน และ บังกลาเทศ
  • สิงหาคม 2560 เปิดรับนิสิตรุ่นที่ 2 ระดับปริญญาโท โดยได้รับทุนการศึกษาจากมหาวิทยาลัยนเรศวร และกรมความร่วมมือระหว่างประเทศ กระทรวงต่างประเทศ (TICA) โดยรับนิสิตต่างชาติจำนวน 3 คน จากประเทศมาลาวี เคนย่า และติมอร์ตะวันออก
  • กันยายน 2561 นิสิตรุ่นที่ 1 หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาการจัดการระบบสุขภาพ (หลักสูตรนานาชาติ) สอบผ่านป้องกันวิทยานิพนธ์ และส่งรายงานฉบับสมบูรณ์ จำนวน 3 คน และสามารถเผยแพร่ตีพิมพ์ในวารสารวิจัยระดับนานาชาติที่อยู่ในฐาน SCOPUS[3]