วิทยาลัยกำปงเฌอเตียลกำเนิดขึ้นจากพระราชดำริของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี หลังจากที่เสด็จฯ เยือนกัมพูชาครั้งแรกเมื่อวันที่ 25 สิงหาคม พ.ศ. 2535 โดยทรงเป็นราชอาคันตุกะของพระบาทสมเด็จพระบรมนาถนโรดม สีหนุ ทรงพระราชดำริพระราชทานความช่วยเหลือกัมพูชา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการศึกษา รัฐบาลโดยสมเด็จฮุนเซน นายกรัฐมนตรี จึงได้สนองแนวพระราชดำริ ขอพระราชทานระบบการศึกษา และน้อมเกล้าฯ ถวายที่ดินจำนวน 45 ไร่ (ต่อมาขยายเป็น 117 ไร่) ในอำเภอปราสาทซ็อมโบร์ จังหวัดกำปงธม เป็นพื้นที่ก่อสร้าง

เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2543 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ดำเนินการจัดทำโครงการพระราชทานความช่วยเหลือด้านการศึกษาและการสาธารณสุขขั้นพื้นฐาน โดยมีกรมราชองครักษ์ กองบัญชาการทหารสูงสุด กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน และคณะครุศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ร่วมสนองพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี โปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้งคณะกรรมการโครงการโรงเรียนพระราชทานในราชอาณาจักรกัมพูชา และทรงรับเป็นประธานโครงการ

วันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2544 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินไปทรงวางศิลาฤกษ์ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานเงินค่าใช้จ่ายในการก่อสร้างอาคารสถานที่ต่าง ๆ โดยเริ่มดำเนินการมาตั้งแต่เดือนกันยายน พ.ศ. 2544 ต่อมามีการก่อสร้างอาคารเพิ่มเติมอีกจำนวนมาก และขยายพื้นที่ออกไปอีก 72 ไร่ รวมเป็น 117 ไร่ การก่อสร้างทั้งหมดเสร็จสิ้นในเดือนเมษายน พ.ศ. 2548 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จฯ ไปทรงเปิดวิทยาลัยกำปงเฌอเตียล เมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน พ.ศ. 2548 และเพื่อเป็นการสนับสนุนการศึกษาของวิทยาลัย ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานทุนแก่นักเรียนเพื่อให้มาศึกษาต่อในประเทศไทยในหลักสูตรครุศาสตรบัณฑิตและหลักสูตรอาชีวศึกษา เพื่อนำความรู้กลับไปสอนและพัฒนาการจัดการศึกษาของวิทยาลัย นอกจากนี้ ยังได้พระราชทานเครื่องดนตรีปี่พาทย์ครบชุด พระราชทานทรัพย์สำหรับจ้างครูท้องถิ่นผู้ชำนาญการสอนนาฏศิลป์และดนตรี