สภาวิทยาลัยชุมชนมุกดาหารและผู้อำนวยการได้ประสานงานกับภาคส่วนต่างๆ ของสังคมในการ จัดการเรียนการสอน โดยมีผู้เข้าร่วมงานในปัจจุบันครบทุกอำเภอ เพื่อจัดการเรียนการสอนในฐานะหน่วยจัดการศึกษารวมทั้งสิ้น 8 แห่ง ได้แก่

1. หน่วยจัดการศึกษาอำเภอเมืองมุกดาหาร ตั้งอยู่ ณ อาคารที่ว่าการอำเภอเมืองมุกดาหาร (หลังเก่า) อำเภอเมืองมุกดาหาร จังหวัดมุกดาหาร
2. หน่วยจัดการศึกษาอำเภอคำชะอี ตั้งอยู่ ณ วัดพุทธนคราภิบาล
3. หน่วยจัดการศึกษาอำเภอดอนตาล ตั้งอยู่ ณ สำนักเนกขัมมนารี
4. หน่วยจัดการศึกษาอำเภอดงหลวง ตั้งอยู่ ณ สำนักงานการประถมศึกษา (เดิม)
5. หน่วยจัดการศึกษาโครงการส่งเสริมศิลปาชีพบ้านสานแว้-นาโคกกุง อำเภอดงหลวง
6. หน่วยจัดการศึกษาอำเภอนิคมคำสร้อย ตั้งอยู่ ณ โรงเรียนคำสร้อยพิทยาสรรค์
7. หน่วยจัดการศึกษาอำเภอหนองสูง ตั้งอยู่ ณ โรงเรียนหนองสูงสามัคคี
8. หน่วยจัดการศึกษาอำเภอหว้านใหญ่ ตั้งอยู่ ณ โรงเรียนหว้านใหญ่วิทยา