วิทยาลัยชุมชนสตูล ก่อตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2547 โดยกระทรวงศึกษาธิการประกาศจัดตั้งวิทยาลัยชุมชนสตูล ตามกฎกระทรวงว่าด้วยการจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษาต่ำกว่าปริญญารูปแบบวิทยาลัยชุมชน พ.ศ. 2546 กำหนดให้ “วิทยาลัยชุมชนเป็นสถานศึกษาของรัฐที่บริหารจัดการโดยชุมชน” ดังนั้นหลักการจัดตั้งและการดำเนินงานวิทยาลัยชุมชน ใช้หลักการตามแนวทางการปฏิรูปการศึกษา และมติคณะรัฐมนตรีเกี่ยวกับวิทยาลัยชุมชน เมื่อวันที่ 19 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2545 โดยการจัดตั้งและการดำเนินงานจะต้องเกิดจากความต้องการ และความพร้อมของชุมชนที่จะบริหารจัดการตามปรัชญาและหลักการของวิทยาลัยชุมชน โดยใช้ทรัพยากรที่มีอยู่ในพื้นที่ให้เกิดประโยชน์สูงสุด จัดการศึกษาในระบบเครือข่าย และมีความร่วมมือจากทุกภาคส่วนของชุมชนจังหวัด

วิทยาลัยชุมชน ได้รับความยินยอมจากเขตพื้นที่การศึกษาจังหวัดสตูล และอำเภอเมืองสตูล มอบอาคารสำนักงานกลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษาของเขตพื้นที่การศึกษาสตูล (เดิมเป็นสำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเมืองสตูล) รวมทั้งที่ดิน ใช้เป็นสำนักงานบริหารงานของวิทยาลัยชุมชนสตูล บนพื้นที่ 18 ไร่ ในปีงบประมาณ 2549 ได้รับการจัดสรรงบประมาณ เพื่อทำการปรับปรุงภูมิทัศน์ และซ่อมแซมอาคารสำนักงาน และเริ่มดำเนินการจัดการเรียนการสอน จำนวน 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรอนุปริญญา จำนวน 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาการศึกษาปฐมวัย จำนวนนักศึกษา 40 คน และสาขาวิชาการการปกครองท้องถิ่น จำนวนนักศึกษา 41 คน และจัดฝึกอบรมหลักสูตรระยะสั้น จำนวน 22 หลักสูตร มีผู้จบหลักสูตรทั้งสิ้น 960 คน