วิทยาลัยนวัตกรรม เป็นหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ จัดตั้งขึ้นตามมติสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 30 มกราคม 2538 แรกเริ่มใช้ชื่อว่า “ศูนย์นวัตกรรมอุดมศึกษา” ต่อมา เพื่อต้องการให้เป็นรูปแบบใหม่ของหน่วยงานในมหาวิทยาลัยที่ปรับเปลี่ยนจากการจัดตั้งคณะหรือภาควิชามาเป็น วิทยาลัย (College) จึงเปลี่ยนชื่อเป็น “วิทยาลัยนวัตกรรมอุดมศึกษา” เมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 2540 ต่อมา สภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์มีมติให้แก้ไขชื่อ “วิทยาลัยนวัตกรรมอุดมศึกษา” เป็น “วิทยาลัยนวัตกรรม” ใน ปี พ.ศ. 2550 และเปลี่ยนชื่อตำแหน่งผู้รับผิดชอบการบริหารงานวิทยาลัยจาก “ผู้อำนวยการ” เป็น “คณบดี” เมื่อวันที่ 7 มีนาคม 2551

วิทยาลัยนวัตกรรม มุ่งเน้นจัดการเรียนการสอนในลักษณะสหสาขาวิชาซึ่งมีการผสมผสานศาสตร์ จากหลากหลายองค์ความรู้เข้าด้วยกัน โดยมุ่งมั่นที่จะเป็นผู้นำด้านการเรียนรู้ และเป็นสถาบันที่มีมาตรฐานการเรียน การสอนและมีผลงานวิจัยในระดับนานาชาติ ภายใต้ปณิธาน รวมพลังจากความหลากหลาย (Synergy from Diversity) ก้าวไกลด้วยคุณธรรม (Excellence with Ethics) เรียนรู้และพัฒนานวัตกรรม (Educator of Innovation) และพัฒนาอย่างเป็นองค์รวม (Develop Holistically)

ปัจจุบัน วิทยาลัยนวัตกรรม จัดการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรี 3 หลักสูตร และระดับปริญญา โท 4 หลักสูตร และจัดการเรียนการสอนที่ ท่าพระจันทร์ และ ศูนย์พัทยา