วิทยาลัยสหวิทยาการก่อตั้งเมื่อวันที่ 5 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2546 โดยขณะนั้นมีการเรียนการสอนเฉพาะระดับปริญญาตรี ณ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์ลำปาง ต่อมาเมื่อสภามหาวิทยาลัยได้มีมติให้ยุบบัณฑิตวิทยาลัยใน พ.ศ. 2549 ทำให้โครงการปริญญาเอกสหวิทยาการและโครงการปริญญาโทสตรีศึกษาซึ่งจัดการเรียนการสอน ณ ศูนย์ท่าพระจันทร์ ไม่มีสังกัด มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์จึงได้ปรับโครงสร้างของวิทยาลัยสหวิทยาการใหม่ โดยให้โอนการเรียนการสอนของทั้งสองโครงการมาอยู่ภายใต้การบริหารงานของวิทยาลัยสหวิทยาการ ปัจจุบันมีการเรียนการสอนรวม 4 หลักสูตร ได้แก่

• ศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสหวิทยาการสังคมศาสตร์ เปิดสอน ณ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ศูนย์ลำปาง
• ศิลปศาสตรบัณฑิต (ภาคพิเศษ) สาขาวิชาปรัชญา การเมือง และเศรษฐศาสตร์ เปิดสอน ณ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ท่าพระจันทร์ และศูนย์ลำปาง
• ศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาสตรี เพศสถานะ และเพศวิถีศึกษา เปิดสอน ณ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ท่าพระจันทร์
• ปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาสหวิทยาการ เปิดสอน ณ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ท่าพระจันทร์