วิทยาลัยเพื่อการค้นคว้าระดับรากฐาน มหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นสถาบันฟิสิกส์ทฤษฎีที่มีฐานะเทียบเท่าคณะวิชาของมหาวิทยาลัยนเรศวร เน้นการวิจัยและการจัดการศึกษาชั้นสูงทางฟิสิกส์ทฤษฎีและการค้นคว้าศาสตร์อื่นที่ใช้ฟิสิกส์ทฤษฎีเป็นเครื่องมือในการวิจัยระดับรากฐานขององค์ความรู้ ปัจจุบัน IF มีการวิจัยในระดับนานาชาติในสาขาต่าง ๆ คือ จักรวาลวิทยา, สัมพัทธภาพทั่วไปและความโน้มถ่วง,ทฤษฎีสนามควอนตัม, ความโน้มถ่วงควอนตัมและทฤษฎีสตริง, ฟิสิกส์ควอนตัมประยุกต์, โครงสร้างเชิงทฤษฎี และ ฟิสิกส์ของระบบเศรษฐศาสตร์ การเงินและสังคม