นายวิเศษ จูภิบาล เคยดำรงตำแหน่ง ผู้ว่าการการปิโตรเลียมแห่งประเทศไทย ในระหว่างปี พ.ศ. 2542 - พ.ศ. 2544 และเป็นกรรมการผู้จัดการใหญ่ บริษัท ปตท. จำกัด (มหาชน) ในระหว่างปี พ.ศ. 2544 - พ.ศ. 2546

ในปี พ.ศ. 2548 จึงได้เข้ามาทำงานการเมือง โดยดำรงตำแหน่งผู้ช่วยรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพลังงาน (นายแพทย์พรหมินทร์ เลิศสุริย์เดช) และได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพลังงาน เมื่อวันที่ 11 มีนาคม พ.ศ. 2548[2] จนกระทั่งเกิดการรัฐประหาร 19 กันยายน พ.ศ. 2549 ต่อมาในปี พ.ศ. 2550 ได้ถูกตัดสิทธิทางการเมืองเป็นเวลา 5 ปี เนื่องจากเป็นกรรมการบริหารพรรคไทยรักไทยซึ่งถูกยุบในคดียุบพรรคการเมือง พ.ศ. 2549[3]