วีระ สุสังกรกาญจน์ เริ่มเข้ารับราชการช่างตรี กองแบบแผน กรมทางหลวงแผ่นดิน โดยมีความก้าวหน้าในราชการมาโดยลำดับ โดยได้ดำรงตำแหน่ง อธิบดีกรมโรงงานอุตสาหกรรม จนกระทั่งเป็นปลัดกระทรวงอุตสาหกรรม ในปี พ.ศ. 2525 จากนั้นเขาถูกย้ายไปประจำสำนักนายกรัฐมนตรี เนื่องจากไม่สนองนโยบายของนายอบ วสุรัตน์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงอุตสาหกรรมในขณะนั้น จากกรณีนโยบายการรวมบริษัทเหล้าสองบริษัท คือ สุรามหาราษฎร และสุราทิพย์เข้าด้วยกัน

ต่อมาเขาได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงอุตสาหกรรม ในรัฐบาลนายอานันท์ ปันยารชุน (ครม.47, 49)[4][5]

ในวันที่ 5 กรกฎาคม พ.ศ. 2543 เขาได้รับแต่งตั้งเป็นข้าราชการรัฐสภาฝ่ายการเมือง ตำแหน่งที่ปรึกษาสภาผู้แทนราษฎร[6]