ศาสตราจารย์ ดร.ศกรณ์ มงคลสุขได้ศึกษาและพัฒนาวิธีตรวจหาพยาธิ Opisthorchis viverrini ซึ่งเป็นปรสิตที่ก่อให้เกิดโรคพยาธิใบไม้ในตับ โดยใช้ DNA probe โดยได้ทำการศึกษา Highly Repeated DNA Sequence และ Ribosomal RNA Gene ซึ่งมีจำนวนชุดสูงใน Genome ของ O. viverrini เป็นเป้าหมายที่เหมาะสมในการพัฒนาเป็น DNA probe ซึ่งคาดว่าจะมีประโยชน์อย่างยิ่งต่อการตรวจหาพยาธิใบไม้ตับ และเป็นหนทางหนึ่งในการแก้ปัญหาสาธารณสุขที่สำคัญของประเทศ

งานวิจัยต่อมา ได้มุ่งความสนใจศึกษากลไกการก่อโรคในพืชโดยแบคทีเรีย Xanthomonas โดยอาศัยหลักการที่ว่า ความเข้าใจกลไกขั้นพื้นฐานของการก่อให้เกิดโรคโดยแบคทีเรียนี้ เป็นปัจจัยสำคัญในการพัฒนาการป้องกันการระบาดของโรคในพืชได้ Xanthomonas เป็นแบคทีเรียซึ่งทำให้เกิดโรคในพืชเศรษฐกิจ ของประเทศไทยหลายชนิด เช่น ข้าว ถั่ว ส้ม ปฏิกิริยาแรกอย่างหนึ่งที่พืชตอบสนองต่อการรุกรานของเชื้อโรคคือ การสร้าง Reactive Oxygen Species (ROS) เช่น Hydrogen Peroxide, Organic Peroxide และ Superoxide งานวิจัยได้เน้นการศึกษาพื้นฐานเกี่ยวกับกลไกซึ่ง Xanthomanas ใช้ป้องกันตัวเองจาก ROS ศาสตราจารย์ ดร. ศกรณ์ มงคลสุข ได้ประสบความสำเร็จในการค้นพบว่า เมื่อ Xanthomanas ถูกกระตุ้นด้วยสารที่ทำให้เกิด Oxidative Stress ในปริมาณต่ำ เชื้อนี้จะสร้างเอนไซม์ต่างๆ ในระดับสูง เพื่อทำลาย ROS นอกจากนั้น เพื่ออธิบายกลไกที่เกิดขึ้นเหล่านี้ในระดับโมเลกุล สามารถแยกยีนที่สร้างเอนไซม์ซึ่งมีหน้าที่ทำลาย ROS คือ Catalase และ Alkyl Hydroperoxide Reductase เอนไซม์ทั้งสองมีบทบาทสำคัญยิ่ง ด้วยเหตุนี้การเข้าใจถึงวิธีควบคุมการทำงานของยีนทั้งสอง จึงเป็นความรู้พื้นฐานในการอธิบายระบบการป้องกันตัวเองของ Xanthomanas จาก Oxidative Stress และได้แยกยีน oxyR ซึ่งมีหน้าที่ควบคุมระบบการป้องกัน Oxidative Stress และได้ศึกษาถึงโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน oxyR ด้วย

นอกจากนี้ ยังได้ค้นพบยีนซึ่งทำให้แบคทีเรียสามารถต้านทานต่อสาร Organic Peroxide การศึกษาโครงสร้างของยีนในระดับเบสและกรดอะมิโน พบว่าเป็นโปรตีนชนิดใหม่ซึ่งยังไม่มีรายงานมาก่อนในสิ่งมีชีวิตใดๆ ซึ่งผลงานวิจัยนี้จะสามารถนำไปประยุกต์เพื่อพัฒนาวิธีการป้องกันการระบาดของโรคพืชเศรษฐกิจของประเทศไทยได้ต่อไป