ศักดา คงเพชร เริ่มเข้าสู่งานการเมืองในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2538 ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดร้อยเอ็ด สังกัดพรรคชาติไทย ต่อมาในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2539 จึงย้ายมาสังกัดพรรคความหวังใหม่ กระทั่งในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2544 ได้ย้ายมาสังกัดพรรคไทยรักไทย และได้รับเลือกตั้งเรื่อยมา ในนามของพรรคพลังประชาชน และพรรคเพื่อไทย[4]

ศักดา คงเพชร เคยได้รับการแต่งตั้งเป็นเลขานุการรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี (พลเอกธรรมรักษ์ อิศรางกูร ณ อยุธยา) และได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในรัฐบาลนางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร (2)[5] แต่จากการสำรวจความพึงพอใจของประชาชน โดยสำนักเอแบคโพล เมื่อเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2555 เขาเป็นรัฐมนตรีที่ประชาชนไม่รู้จัก เป็นลำดับที่ 8[6] จนกระทั่งในเดือนตุลาคมของปีเดียวกัน เขาถูกปรับออกจากตำแหน่งดังกล่าว

รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ

ศักดา คงเพชร ได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ และได้รับมอบหมายให้กำกับดูแลงานของสำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา โดยผลงานที่สำคัญคือ การจัดตั้งสถาบันอาชีวศึกษาเกษตร จำนวน 4 แห่ง เพื่อขยายโอกาสให้วิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยี สามารถเปิดสอนในระดับปริญญาตรีได้[7] รวมทั้งการสานต่อการสืบสวนกรณีการทุจริตจัดซื้อครุภัณฑ์อาชีวศึกษา ในช่วงรัฐบาลที่ผ่านมา ซึ่งมีนางสาวนริศรา ชวาลตันพิพัทธ์ เป็นรัฐมนตรี