ศักดา นพสิทธิ์ เคยลงสมัครรับเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดชลบุรี ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2544 สังกัดพรรคประชาธิปัตย์[2] แต่แพ้ให้กับนายวิทยา คุณปลื้ม จากพรรคชาติไทย และในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2548 แพ้ให้กับนายอัมรินทร์ ตั้งประกอบ จากพรรคไทยรักไทย ต่อมาในปี พ.ศ. 2551 เขาได้เข้าร่วมงานและได้รับแต่งตั้งเป็นโฆษกพรรคเพื่อไทย รวมทั้งเป็นประธาน นปช.จังหวัดชลบุรี

ศักดา นพสิทธิ์ เป็นหนึ่งในสมาชิก นปช. ที่มีบทบาทในการชุมนุมระหว่างการประชุมผู้นำประเทศอาเซียน ที่พัทยาด้วย[3]เขาเคยจำคุกในคดี เหตุการณ์ก่อความไม่สงบของกลุ่ม นปช. เมษายน พ.ศ. 2552 ในศาลชั้นต้น ในวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2558 ต่อมาใน วันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2558 เขาได้รับการประกันตัวในวงเงิน 8 แสน บาท เขาจำคุกในวันที่ 21 มีนาคม พ.ศ. 2560 ตามคำตัดสินของศาลอุทธรณ์ในคดีดังล่าว และไม่ได้รับการประกันตัวในวันดังกล่าว

ในปี พ.ศ. 2561 เขาได้ย้ายไปร่วมงานกับพรรคเพื่อชาติ