มิชชันนารีกลุ่มแรกที่มาสู่กัมพูชา นำโดยกัสปาร์ ดาครูซ สังกัดคริสตจักรโดมินิกันชาวโปรตุเกส ระหว่าง พ.ศ. 2098 – 2099 แต่การเผยแพร่ศาสนาล้มเหลว ในช่วงที่เป็นอาณานิคมของฝรั่งเศส ศาสนาคริสต์มีอิทธิพลน้อยมากในกัมพูชา ใน พ.ศ. 2515 คาดว่ามีชาวคริสต์ในกัมพูชาประมาณ20,000 คน ส่วนใหญ่เป็นนิกายโรมันคาทอลิก ก่อนการขับไล่ชาวเวียดนามใน พ.ศ. 2513 – 2514 คาดว่ามีชาวคริสต์ในกัมพูชาถึง 62,000 คน ตามสถิติของเวียดนาม เมื่อ พ.ศ. 2496 สมาชิกของนิกายโรมันคาทอลิกในกัมพูชามีประมาณ 120,000 คนในกัมพูชา โดยเป็นชาวเวียดนามในกัมพูชาราว 50,000 คน ชาวคริสต์ที่เหลืออยู่ในกัมพูชาเมื่อ พ.ศ. 2515 ส่วนใหญ่เป็นลูกหลานของชาวฝรั่งเศส ใน พ.ศ. 2496 มีมิชชันของคริสตจักรอเมริกันยูนิทาเรียนอยู่ในโรงเรียนฝึกหัดครูพนมเปญ และมีมิชชันแบปทิสต์ทำงานในพระตะบองและเสียมราฐ พันธมิตรมิชชันนารีและคริสเตียนก่อตั้งในกัมพูชาเมื่อ พ.ศ. 2466 และมีสมาชิกราว 2,000 คนใน พ.ศ. 2505

กิจกรรมของมิชชันนารีอเมริกันนิกายโปรเตสแตนต์เพิ่มขึ้นในกัมพูชา โดยเฉพาะในกลุ่มชาวจามและชนเผ่าต่างๆหลังรัฐประหาร พ.ศ. 2513 และการก่อตั้งสาธารณรัฐเขมร มีรายงานว่ามีผู้นับถือนิกายโปรเตสแตนต์ 2,000 คนใน พ.ศ. 2505 และใน พ.ศ. 2525 มีรายงานว่ายังมีหมู่บ้านชาวคริสต์ในกัมพูชา แต่ไม่ได้รายงานเรื่องจำนวน รวมทั้งนิกายของพวกเขา ใน พ.ศ. 2523 มีชาวเขมรที่นับถือศาสนาคริสต์ลงทะเบียนเป็นผู้อพยพในค่ายผู้อพยพในประเทศไทยมากกว่าจำนวนที่เคยมีรายงานใน พ.ศ. 2513 ใน พ.ศ. 2530 คาดการณ์ว่าเหลือชาวคริสต์ในกัมพูชาไม่กี่พันคน[6] ปัจจุบันมีชาวคริสต์ที่นับถือนิกายโรมันคาทอลิกในกัมพูชาราว 20,000 คน คิดเป็น0.15% ของประชากรทั้งหมด