รุ่นอายุไม่เกิน 19 ปี

ในวันที่ 4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2562 การแข่งขันรอบคัดเลือกของฟุตบอลเอเชียเยาวชนอายุไม่เกิน 19 ปี 2020 นัดแรก ศุภณัฏฐ์ยิง 4 ประตู ช่วยให้ทีมชาติไทยเอาชนะบรูไนไปได้ 9–0[23] ต่อมาในนัดที่สอง วันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ. 2562 ศุภณัฏฐ์ยิงคนเดียว 5 ประตู ช่วยให้ทีมชาติไทยเอาชนะหมู่เกาะนอร์เทิร์นมาเรียนาไปได้ 21–0[24]

รุ่นอายุไม่เกิน 23 ปี

ในการแข่งขันฟุตบอลเอเชียเยาวชนอายุไม่เกิน 23 ปี รอบคัดเลือก กลุ่ม K นัดที่สอง วันที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2562 ศุภณัฏฐ์ทำ 2 ประตูช่วยให้ทีมชาติไทยเอาชนะบรูไนไปได้ 8–0[25]

ในการแข่งขันกีฬาฟุตบอลในซีเกมส์ 2019 รอบแบ่งกลุ่ม นัดที่ 2 วันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2562 ศุภณัฏฐ์ยิงหนึ่งประตูช่วยให้ทีมชาติไทยเอาชนะบรูไนไปได้ 7–0[26] ต่อมาในนัดที่ 3 วันที่ 1 ธันวาคม ศุภณัฏฐ์ยิงหนึ่งประตู และทำหนึ่งแอสซิสต์ ช่วยให้ทีมชาติไทยเอาชนะสิงคโปร์ไปได้ 3–0[27] ต่อมาในนัดที่ 4 วันที่ 3 ธันวาคม ศุภณัฏฐ์ยิง 2 ประตูในช่วงท้ายเกม ช่วยให้ทีมชาติไทยเอาชนะทีมชาติลาวไปได้ 2–0[28] และในนัดสุดท้าย วันที่ 5 ธันวาคม ทีมชาติไทยพบกับกับเวียดนาม โดยในนัดนี้ ทีมชาติไทยต้องชนะอย่างน้อย 2 ประตู จึงจะการันตีเข้ารอบตัดเชือก ศุภณัฏฐ์ยิงให้ทีมชาติไทยขึ้นนำ 2–0 แต่สุดท้ายก็ถูกเวียดนามตามตีเสมอ 2–2 ทำให้ทีมชาติไทยตกรอบแบ่งกลุ่มซีเกมส์เป็นครั้งแรกในรอบ 8 ปี[29]

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2562 ศุภณัฏฐ์ มีชื่อติด 23 คนสุดท้ายของทีมชาติไทยในการแข่งขันฟุตบอลเอเชียเยาวชนอายุไม่เกิน 23 ปี 2020 ที่ประเทศไทยจะเป็นเจ้าภาพ[30] ต่อมาในการแข่งขันรอบแบ่งกลุ่ม กลุ่ม เอ นัดแรกที่ราชมังคลากีฬาสถาน วันที่ 8 มกราคม พ.ศ. 2563 ศุภณัฏฐ์ทำ 2 ประตู ช่วยให้ทีมชาติไทยเอาชนะบาห์เรนไปได้ 5–0[31] โดยในนัดนี้ศุภณัฏฐ์ทำสถิติเป็นนักเตะที่อายุน้อยที่สุดที่ยิงประตูได้ในการแข่งขันฟุตบอลชิงแชมป์เอเชีย รุ่นอายุไม่เกิน 23 ปี รอบสุดท้ายด้วยวัย 17 ปี 5 เดือน 6 วัน[32]

ชุดใหญ่

ในวันที่ 27 กันยายน พ.ศ. 2562 ศุภณัฏฐ์ มีชื่อติดทีมชาติไทยในยุคของ อากิระ นิชิโนะ เป็นครั้งแรก ในนัดกระชับมิตรที่จะพบกับ สาธารณรัฐคองโก และฟุตบอลโลก 2022 รอบคัดเลือก นัดที่ไทยจะเปิดบ้านพบกับ สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์[33]