ศูนย์การแพทย์ปัญญานันทภิกขุ ชลประทาน ถือกำเนิดมาจากกรมชลประทาน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้จัดบริการด้านการแพทย์การสาธารณสุขเอง ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2457 โดยจัดตั้งเป็นสถานพยาบาลชั่วคราว ดูแลรักษาผู้ป่วยในที่ทำการก่อสร้างเขื่อนพระราม 6 ตำบลท่าหลวง อำเภอท่าเรือ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา จนกระทั่งปี พ.ศ. 2487 จึงได้จัดหน่วยแพทย์ขึ้นเป็นครั้งแรกในสำนักงานเลขานุการกรม ในปี พ.ศ. 2489 ได้ขยายหน่วยงานแพทย์เป็นแผนกแพทย์ และในปี พ.ศ. 2493 ได้จัดตั้งกองแพทย์ โดยสร้างอาคารสถานพยาบาลขึ้นในบริเวณกรมชลประทาน สามเสน เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร และที่ทำการก่อสร้างกรมชลประทาน อำเภอปากเกร็ด จังหวัดนนทบุรี เป็นอาคารไม้ 2 ชั้น รับผู้ป่วยได้ 20 เตียงและขยายเป็นโรงพยาบาลขนาด 90 เตียง เมื่อปี พ.ศ. 2498 รับผู้ป่วยที่เป็นข้าราชการ ลูกจ้างและครอบครัวทั้งจากส่วนกลางและจากท้องถิ่น ของกรมชลประทาน รวมทั้งผู้รับบริการจากจังหวัดนนทบุรี ปทุมธานี และส่วนรอบนอกด้านทิศเหนือของกรุงเทพมหานคร ด้วยเหตุนี้เองจึงมีผู้ป่วยจำนวนมากขึ้น มาขอรับบริการเป็นเหตุที่ต้องขยายโรงพยาบาลและปรับปรุงให้มีขีดความสามารถในการรักษาโรคเฉพาะทางได้โดยไม่ต้องส่งต่อ ดังนั้น ในปี พ.ศ. 2510 จึงมีโครงการขยายโรงพยาบาลตามขั้นตอน และปรับสภาพเป็นโรงพยาบาลทั่วไปขนาด 320 เตียง

เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2539 โรงพยาบาลชลประทานได้จัดแบ่งรูปงานใหม่เพื่อเตรียมความพร้อมให้สอดคล้องกับโครงสร้างใหม่ของกรมชลประทาน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ในปี พ.ศ. 2541 โดยปรับรูปแบบการดำเนินการเป็นโรงพยาบาลทั่วไปขนาด 300 เตียง มีแพทย์ผู้เชี่ยวชาญทุกสาขาวิชาทางการแพทย์ที่จำเป็น ให้บริการแก่เจ้าหน้าที่กรมชลประทาน ครอบครัวและประชาชนทั่วไป รวมทั้งให้บริการงานผู้ป่วยนอกสามเสน กรมชลประทาน กรุงเทพมหานคร ตามพระราชกฤษฎีกา โอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ให้โอนย้ายไปสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข กระทรวงสาธารณสุข เมื่อวันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ. 2545

ปัจจุบัน ศูนย์การแพทย์ปัญญานันทภิกขุ ชลประทาน เป็นโรงพยาบาลทุติยภูมิระดับสูง ขนาด 400 เตียง สังกัด มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ กระทรวงศึกษาธิการ ตั้งอยู่เลขที่ 222 หมู่ 1 ถนนติวานนท์ ตำบลบางตลาด อำเภอปากเกร็ด จังหวัดนนทบุรี โรงพยาบาลชลประทาน ได้เปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์การแพทย์ปัญญานันทภิกขุ ชลประทาน มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ซึ่งชื่อดังกล่าวได้แจ้งต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติ เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2550 และกราบเรียนหลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ และขออนุญาตใช้นามของท่านเป็นชื่อโรงพยาบาลไว้แล้ว เมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม พ.ศ. 2550 และโรงพยาบาลชลประทานได้มาสังกัดมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2550 มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒได้จัดตั้งกองทุนหลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ เพื่อสืบทอดความตั้งใจของท่าน เพื่อนำกองทุนดังกล่าวมาพัฒนาโรงพยาบาลชลประทาน ให้เป็นโรงพยาบาลที่ดีที่สุดโรงพยาบาลหนึ่ง