ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี เป็นหน่วยงานหนึ่งในกรมเจ้าท่า กระทรวงคมนาคม มีหน้าที่ผลิตคนประจำเรือทุกระดับชั้นให้มีคุณภาพและเพียงพอต่อความต้องการของตลาดแรงงาน เพื่อสนับสนุนกิจการพาณิชยนาวีรวมทั้งพัฒนาและฝึกอบรมเพื่อเพิ่มวิทยาฐานะของคนประจำเรือทุกระดับชั้นให้ได้มาตรฐานสากลตามอนุสัญญา STCW 1978 และฉบับแก้ไข STCW 1995

ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ได้เริ่มก่อตั้งขึ้นในครั้งแรกในปี พ.ศ. 2515 ในขณะนั้นใช้ชื่อเรียกว่า “โรงเรียนเดินเรือพาณิชย์” เป็นโครงการสร้างชาวเรือชั่วคราวผลิตนักเรียนเดินเรือระดับนายประจำเรือโดยตรงให้แก่หน่วยงานรัฐวิสาหกิจแห่งแรก คือบริษัท ไทยเดินเรือทะเล จำกัด ใช้หลักสูตรเร่งรัดให้จบภายใน 3 ปี เปิดทำการศึกษาและฝึกอบรมโดยใช้ชั้น 5 อาคาร 4 จำนวน 2 ห้องเรียน ของกรมเจ้าท่า มีนักเรียนในรุ่นแรกจำนวน 18 คน ทำการศึกษาและฝึกอบรมภาคทฤษฎีโดยใช้อาจารย์ทั้งภายในและภายนอกกรมเจ้าท่า และใช้เรือของกรมเจ้าท่าทำการฝึกภาคปฏิบัติทางทะเล

นักเรียนเดินเรือพาณิชย์รุ่นแรกที่จบออกไป ได้สร้างผลงานและชื่อเสียงจนเป็นที่ยอมรับกันอย่างแพร่หลายรัฐบาลจึงเกิดความมั่นใจพร้อมให้การสนับสนุนต่อไป ต่อมาในปี พ.ศ. 2518 จึงได้เปลี่ยนหลักสูตรจาก 3 ปี เป็นหลักสูตร 5 ปี โดยได้รับความร่วมมือจากรัฐบาลนอร์เวย์ ส่งผู้เชี่ยวชาญด้านการสอนมาวางแนวทางให้และทำการรับนักเรียนจำนวนเพิ่มมากขึ้น ในที่สุดเมื่อปี พ.ศ. 2521 ได้มีมติคณะรัฐมนตรี ให้ก่อตั้ง “ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี“ ขึ้นเป็นการถาวร หลังจากนั้นกรมเจ้าท่าได้ขอความช่วยเหลือจากรัฐบาลอังกฤษเพื่อมาสำรวจจัดทำแผนแม่บทโครงการก่อสร้างศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี โดยกำหนดสถานที่ตั้งที่จังหวัดสมุทรปราการ ซึ่งกรมเจ้าท่าได้ขอที่ดินจากกรมธนารักษ์ได้ 17 ไร่ ซึ่งเป็นที่ตั้งของ “ป้อมตรีเพชร” (สร้างในรัฐสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว) เมื่อแผนแม่บทเสร็จประกฎว่าต้องใช้เนื้อที่ทั้งหมด 25 ไร่ ใน พ.ศ. 2523 กรมเจ้าท่าจึงขออนุมัติซื้อที่ดินจากเอกชนเพิ่มขึ้นอีก 8 ไร่ เป็นเงินจำนวน 2,340,000 บาท ซึ่งได้รับอนุมัติตามที่ขอ แผนแม่บทที่กล่าวนี้ กรมเจ้าท่าได้ยึดถือในการก่อสร้างศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ในระยะเวลาต่อมา

กิจการพาณิชยนาวีของประเทศไทยในปัจจุบันได้เจริญรุดหน้าเป็นอย่างมาก และมีอัตราขยายตัวเพิ่มอย่างรวดเร็ว ความต้องการของบุคลากรด้านการเดินเรือได้เพิ่มสูงขึ้น เจ้าของกิจการส่วนใหญ่ประสบปัญหาการขาดแคลนคนประจำเรือ บางครั้งจำเป็นต้องจ้างชาวต่างชาติเข้ามาทำงานบนเรือในอัตราค่าจ้างที่สูงทำให้รัฐต้องสูญเสียเงินตราออกไปนอกประเทศ ทั้งยังส่งผลกระทบต่อแผนการเพิ่มจำนวนเรือสินค้า ตามนโยบายพัฒนาและส่งเสริมการพาณิชย์นาวีของประเทศ และด้วยเหตุดังกล่าว รัฐบาลเริ่มเห็นความสำคัญของกิจการพาณิชยนาวี จึงมอบหมายให้กรมเจ้าท่า กระทรวงคมนาคมพิจารณาหาทางผลิตบุคลากรด้านการเดินเรือสนับสนุนให้เพียงพอต่อความต้องการ

ในปี พ.ศ. 2525 กรมเจ้าท่าได้รับความช่วยเหลือจากรัฐบาลเดนมาร์ก ทั้งในเรื่องของการปรับปรุงหลักสูตร โดยส่งผู้เชี่ยวชาญจำนวน 2 นาย มาช่วยวางแผนและปรับปรุงหลักสูตรให้ได้มามาตรฐานสูงขึ้น รวมทั้งยังให้ใช้เงินกู้ไม่มีดอกเบี้ยเพื่อจัดซื้อเรือฝึกนักเรียน “วิสูตรสาคร” ขนาดระวางขับน้ำ 1,089 ตันกรอส ในวงเงิน 38 ล้านเดนนิชโคนเนอร์ (ประมาณ 100 ล้านบาท) เรือฝึกลำนี้ได้รับการออกแบบและควบคุมก่อสร้างโดยบริษัทวิศวกรที่ปรึกษาจากประเทศเดนมาร์ก เริ่มต่อสร้างในปี พ.ศ. 2528 ระยะเวลาต่อสร้าง 1 ปี ซึ่งเรือฝึกนักเรียนลำนี้นับได้ว่าเป็นเรือฝึกที่มีความสมบูรณ์และทันสมัยมากลำหนึ่งในกลุ่มประเทศอาเซียน

ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ได้รับการยกระดับฐานะขึ้นเป็นหน่วยงานระดับกอง ตามพระราชกฤษฎีกา เมื่อปี พ.ศ. 2527 ยังเปิดทำการศึกษาและฝึกอบรมอยู่ภายในบริเวณกรมเจ้าท่าเช่นเดิม แต่ในขณะเดียวกันกรมเจ้าท่าก็ได้เริ่มดำเนินการก่อสร้าง ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ที่จังหวัดสมุทรปราการเป็นการถาวร โดยได้ว่าจ้างบริษัทวิศวกรที่ปรึกษาของไทยดำเนินการออกแบบและควบคุมงานก่อสร้างดังกล่าวใช้งบประมาณแผ่นดินจำนวน 88 ล้านบาท ประกอบด้วยอาคารเรียนและธุรการ อาคารเอนกประสงค์ โรงฝึกงาน อาคารหอพักนักเรียน อาคารบ้านพักข้าราชการ ท่าเทียบเรือ ถนนภายในและระบบสาธารณูปโภคที่จำเป็น งานก่อสร้างสถานที่แห่งใหม่แล้วเสร็จเมื่อปลายปี พ.ศ. 2530 ย้ายสถานที่ศึกษาและฝึกอบรมจากกรมเจ้าท่ามาอยู่ที่สถานที่แห่งใหม่ เมื่อเดือนพฤษภาคม 2531 และได้ทำพิธีเปิดเมื่อ วันพุธที่ 21 ธันวาคม พ.ศ. 2531 โดยนายมนตรี พงษ์พานิช รัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม ได้รับเชิญมาเป็นประธานในพิธี

นอกจากความช่วยเหลือจากรัฐบาลเดนมาร์กแล้ว รัฐบาลญี่ปุ่นก็ให้ความช่วยเหลือเช่นกัน โดยในปี พ.ศ. 2532 ได้ส่งผู้เชี่ยวชาญจำนวน 3 นาย มาให้คำแนะนำเกี่ยวกับการกำหนดอุปกรณ์เครื่องช่วยการศึกษาต่าง ๆ ด้วยได้รับความช่วยเหลือจากต่างประเทศดังที่กล่าวมานี้ ทำให้เป็นที่มั่นใจว่าการผลิต นักเรียนเดินเรือของศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี กรมเจ้าท่า ต้องได้มาตรฐานสากลอย่างแน่นอน

ในปี พ.ศ. 2541 ทบวงมหาวิทยาลัย ได้มีประกาศให้ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี เป็นสถาบันสมทบของมหาวิทยาลัยบูรพา ตั้งแต่ปีการศึกษา 2541 เป็นต้นไป[1]