ศูนย์พัฒนาการประมงแห่งเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ แบ่งส่วนการบริหาร ซึ่งมีที่ตั้งในระหว่างประเทศสมาชิก ดังนี้ คือ

• สำนักเลขาธิการ (Secretariat) ตั้งอยู่ที่ประเทศไทย
• สำนักงานฝ่ายฝึกอบรม (Training Department:TD) ตั้งอยู่ที่ประเทศไทย
• สำนักเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ (Aquaculture Department:AQD) ตั้งอยู่ที่ประเทศฟิลิปปินส์
• สำนักงานฝ่ายวิจัยผลิตภัณฑ์ประมง และการแปรรูปสัตว์น้ำ (Marine Fisheries Research Department:MFRD) ตั้งอยู่ที่ประเทศสิงคโปร์
• สำนักงานฝ่ายพัฒนาและการจัดการทรัพยากรประมงทะเล (Marine Fishery Resources Development and Management Department:MFRDMD) ตั้งอยู่ที่ประเทศมาเลเชีย
• สำนักงานฝ่ายพัฒนาและการจัดการทรัพยากรประมงน้ำจืด (Inland Fishery Resources Development and Management Department:IFRDMD) ตั้งอยู่ที่ประเทศอินโดนิเชีย