ศูนย์เตือนภัยพิบัติแห่งชาติ จัดตั้งขึ้นเนื่องมาจากเหตุการณ์ธรณีพิบัติภัย (คลื่นสึนามิ) เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม พ.ศ. 2547 ซึ่งเป็นภัยพิบัติทางธรรมชาติที่ส่งผลกระทบต่อประเทศไทยร้ายแรงที่สุด มีจำนวนผู้เสียชีวิตถึง 5,396 คน มีผู้บาดเจ็บ 8,457 คน สูญหาย 2,951 คน ตลอดจนสร้างความเสียหายต่อบ้านเรือน การเกษตร การประมง ปศุสัตว์ การท่องเที่ยว และธุรกิจ จึงได้มีการจัดตั้งศูนย์เตือนภัยพิบัติแห่งชาติขึ้นเพื่อดำเนินภารกิจในเรื่องดังกล่าว และมีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม พ.ศ. 2548[1]

ศูนย์เตือนภัยพิบัติแห่งชาติ จัดตั้งขึ้นเป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักเลขาธิการนายกรัฐมนตรี ตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยการบริหารระบบการเตือนภัยพิบัติแห่งชาติ พ.ศ. 2548 [2] ต่อมาจึงได้โอนมาสังกัดสำนักงานรัฐมนตรี กระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร[3] และสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร [4]

ต่อมาในวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2559 ศูนย์เตือนภัยพิบัติแห่งชาติได้ถูกโอนไปสังกัด กรมป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย กระทรวงมหาดไทย ตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ 17) พ.ศ. 2559 [5]