ในปี พ.ศ. 2537 คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุขร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย จัดทำ“โครงการร่วมผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบท” เพื่อแก้ไขความขาดแคลนแพทย์ในส่วนภูมิภาค โดยร่วมมือกับคณะแพทยศาสตร์ต่างๆ ในการร่วมผลิตแพทย์ ดังนั้นเพื่อให้การดำเนินงานมีประสิทธิภาพและบรรลุเป้าหมายตามวัตถุประสงค์ ทางกระทรวงสาธารณสุขจึงจัดตั้ง“สำนักงานบริหารโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท” ในปี พ.ศ. 2540 เพื่อรับผิดชอบโครงการดังกล่าว สำนักงานนี้มีฐานะเทียบเท่ากองในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข โดยใช้ชื่อย่อว่า “สบพช.”

สำหรับการจัดการเรียนการสอนนั้น ในระดับชั้นปรีคลินิก (ชั้นปี 1 - 3) จะทำการเรียนการสอนที่คณะแพทยศาสตร์ต่างๆ ส่วนในระดับชั้นคลินิก (ชั้นปี 4 - 6) จะอาศัย โรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขที่เข้าร่วมเป็นสถาบันสมทบในการเรียนและฝึกปฏิบัติงานของนิสิตนักศึกษาแพทย์ ดังนั้นทาง สบพช. จึงให้มีการจัดตั้งศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิกขึ้นในโรงพยาบาลต่างๆ ที่เข้าร่วมเป็นสถาบันสมทบในการร่วมผลิตแพทย์เพื่อบริหารและจัดการเรียนการสอนนิสิตนักศึกษาแพทย์ในโรงพยาบาลต่างๆ อย่างมีประสิทธิภาพ โดยให้เป็นหน่วยงานหนึ่งของโรงพยาบาลนั้นๆ