ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลนครพิงค์ มหาวิทยาลัยพะเยาได้ทำบันทึกข้อตกลงความร่วมมือในการผลิตและพัฒนากำลังคนด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพ ระหว่างกระทรวงสาธารณสุข และมหาวิทยาลัยพะเยา ลงวันที่ 28 ธันวาคม 2552 จะร่วมกันผลิต และพัฒนาบุคลากรด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพสาขาต่างๆ ที่มีคุณภาพมาตรฐานให้โรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในการจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรแพทยศาตรบัณฑิต และจะได้จัดตั้งศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โดยมีโรงพยาบาลนครพิงค์ จังหวัดเชียงใหม่ และโรงพยาบาลพะเยา จังหวัดพะเยา เป็นโรงพยาบาลหลักในการร่วมผลิตและพัฒนาดำเนินงาน

ในการคัดเลือกนักเรียนเพื่อเข้าศึกษาร่วมและในการจัดทำหลักสูตร ได้รับความช่วยเหลือและสนับสนุนการดำเนินงานและงบประมาณจากสำนักงานบริหารโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท ซึ่งขึ้นตรงกับกระทรวงสาธารณสุข ซึ่งลักษณะพิเศษของโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท คือคัดเลือกนักเรียนให้เรียนในภูมิภาคและให้กลับไปทำงานที่ภูมิลำเนาเดิมกระจายโอกาสให้นักเรียนได้ศึกษาวิชาแพทยศาสตร์มากขึ้น