งานวิจัยทางด้านการจัดจำแนกในปัจจุบันได้ศึกษาการจัดเรียงตัวของใบ กายวิภาคของใบ ได้แบ่งสกุลนี้ออกเป็นสองสกุลย่อยคือ:

• สกุลย่อยขนุน (Artocarpus): กลีบรวมของผลติดกันบางส่วน
• สกุลย่อย Pseudojaca:กลีบรวมติดกันทั้งหมด

สกุล Prainea ใกล้เคียงกับสกุลย่อย Pseudojaca มาก ทำให้นักวิจัยบางกลุ่มยกเอาสกุลนี้มาเป็นสกุลย่อยที่สามในสกุลขนุน