ในช่วงสงครามโคลน อัศวินเจไดอนาคิน สกายวอล์คเกอร์ และอาจารย์เจไดโอบีวัน เคโนบี นำกองทหารโคลนแห่งสาธารณรัฐจำนวนน้อยเข้าต่อสู้กับกองทัพหุ่นยนต์ฝ่ายแบ่งแยกบนดาวเคราะห์คริสทอฟซิส ระหว่างรอกำลังเสริม พาดาวันเจไดอาโซกา ทาโนเดินทางมาบนยานกระสวยพร้อมยืนยันว่าตนเองได้รับมอบหมายจากอาจารย์เจไดโยดาให้มาเป็นผู้ฝึกพาดาวันในความดูแลของอนาคิน อนาคินยอมรับอาโซกาเป็นศิษย์อย่างไม่เต็มใจนัก ทั้งหมดเข้าร่วมต่อสู้โดยอนาคินและอาโซกาสามารถปิดการทำงานของสนามพลังป้องกันฝ่ายแบ่งแยกได้สำเร็จ โอบีวันก็สามารถล่อหลอกผู้บัญชาการดรอยด์เอาไว้ได้ เปิดโอกาสให้สาธารณรัฐได้รับชัยชนะในการต่อสู้ และอนาคินก็เริ่มยอมรับในตัวอาโซกา

หลังจากการรบครั้งนั้น โยดาก็เดินทางมาถึงและได้แจ้งให้ทุกคนทราบว่า ร็อตต้า ลูกของหัวหน้าใหญ่อาชญากรแจบบาเดอะฮัทท์ ถูกลักพาตัวไป ภารกิจในการนำตัวลูกฮัตต์ตนนี้กลับมาจึงตกเป็นของอนาคินและอาโซกา ในขณะที่โอบีวันต้องเดินทางไปยังทาทูอีนเพื่อเจรจากับแจบบา เพื่อใช้โอกาสนี้สานสัมพันธ์เพื่อให้เกิดสัญญาสงบศึกระหว่างพวกฮัทท์กับสาธารณรัฐ อนาคินกับอาโซกาตามหาร็อตต้าพบที่ดาวเคราะห์เทธ พวกเขาถูกลอบโจมตีโดยกองทัพฝ่ายแบ่งแยกนำโดยอาซาจ เวนเทรส ผู้เป็นศิษย์ของเคานท์ดูกู จากนั้นจึงได้ทราบว่าดูกูวางแผนปรักปรำว่าเหล่าเจไดเป็นฝ่ายลักพาตัวร็อตต้า ทั้งสองหลบหนีกับดักออกมาได้พร้อมกับอาร์ทูดีทู และได้ขึ้นยานอวกาศเดินทางมายังทาทูอีน โอบีวันทราบข่าวจากอนาคินจึงได้เดินทางมายังเทธ เขาได้ประลองกระบี่แสงกับเวนเทรสและได้รับชัยชนะ แต่เวนเทรสหนีไปได้

ระหว่างนั้นเองวุฒิสมาชิกแพดเม่ อมิดาลา ภรรยาโดยลับของอนาคิน ได้รับทราบเรื่องภารกิจของอนาคินและเป็นห่วงในความปลอดภัยของเขา จึงตัดสินใจติดต่อซีโร ฮัทท์ผู้เป็นลุงของแจบบา ซึ่งอยู่บนดาวเคราะห์คอรัสซานท์ ซีโรปฏิเสธที่จะให้ความร่วมมือ โดยดูเหมือนเขาจะเชื่อว่าเป็นพวกเจไดนั้นเองที่อยู่เบื้องหลังเหตุการณ์ลักพาตัวในครั้งนี้ แต่ไม่นานแพดเม่ก็สืบทราบว่าจริงๆ แล้วซีโรนั่นเองที่สมคบคิดกับดูกูเพื่อจะให้ร็อตต้าถูกสังหาร เพื่อให้แจบบาประหารชีวิตทั้งอนาคินและอาโซกา ซึ่งจะทำให้ทางสภาเจไดจับกุมตัวแจบบา เปิดช่องว่างให้ซีโรขึ้นครองอำนาจยิ่งใหญ่ในหมู่ฮัทท์ แพดเม่ถูกจับตัวได้ แต่การติดต่อแบบสิ้นหวังของซีทรีพีโอทำให้สามารถติดต่อกองยานของทหารโคลนได้ และซีโรจึงถูกจับกุมตัวในที่สุด

เมื่อเดินทางมาถึงทาทูอีน อนาคินและอาโซกาถูกดรอยด์รบแมกน่าการ์ดลอบยิงจนยานตก อนาคินวางแผนเอาตุ๊กตาร็อตต้าตัวปลอมไว้กับตัวระหว่างต่อสู้กับดูกู เปิดโอกาสให้อาโซกาพาร็อตต้าตัวจริงไปยังวังของแจบบาได้ ระหว่างนี้เธอถูกลอบโจมตีโดยหุ่นแมกน่าการ์ด แต่ก็เอาชนะมาได้ ทั้งอนาคินและอาโซกาพาร็อตต้าไปส่งแจบบาได้อย่างปลอดภัย แม้กระนั้นแจบบาก็สั่งประหารชีวิตทั้งสองอยู่ดีด้วยเชื่อว่ายังไงๆ พวกเจไดก็อยู่เบื้องหลังเหตุการณ์ลักพาตัวนี้ แต่แพดเม่ติดต่อเข้ามาทันเวลาพร้อมทั้งเปิดเผยแผนของซีโรและฝ่ายแบ่งแยกดินแดนว่าเป็นผู้อยู่เบื้องหลังการลักพาตัว ทราบดังนี้แล้วแจบบาจึงยกเลิกการประหารและยอมรับข้อเสนอทำสนธิสัญญากับสาธารณรัฐ ระหว่างนี้ขณะที่ดูกูหลบหนี เขาก็ได้ติดต่อดาร์ธ ซิเดียสผู้เป็นนาย เกี่ยวกับแผนการที่ล้มเหลว ซิธลอร์ดดาร์ธ ซิเดียสกล่าวตอบว่าไม่จำเป็นต้องกังวล เนื่องจากกระแสสงครามยังคงเข้าข้างทั้งสองอยู่