ประวัติศาสตร์ที่เก่าที่สุดของสต็อกโฮล์ม เริ่มที่ ค.ศ. 1252 โดยสต็อกโฮล์มเป็นเมืองศูนย์กลางในการค้าขายแลกเปลี่ยนแร่เหล็กจากเหมืองใกล้เคียง สต็อกโฮล์มก่อตั้งเป็นเมืองที่อยู่อาศัยเต็มรูปแบบเพื่อปกป้องตัวเองจากนักเดินเรือต่างถิ่น สต็อกโฮล์มเป็นเมืองหลวงของจักรวรรดิสวีเดนอย่างเป็นทางการในปี ค.ศ. 1634

ในช่วง ค.ศ. 1713–1714 สต็อกโฮล์มพบปัญหาการระบาดของกาฬโรค และสงครามใหญ่ทางภาคเหนือระหว่างสวีเดนกับชาติยุโรปเหนืออื่น ๆ ใน ค.ศ. 1721 ซึ่งส่งผลให้จักรวรรดิสวีเดนต้องสิ้นสุดลง และเมืองสต็อกโฮล์มเสียหายอย่างหนัก

สต็อกโฮล์มค่อย ๆ ฟื้นความสำคัญกลับคืนมาในคริสต์ศตวรรษที่ 19 และกลายเป็นศูนย์กลางทางการค้า