ในแผนงานแรกสำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร (สถานะก่อนกรมการขนส่งทางราง) ได้กำหนดชื่อสถานีแห่งนี้ว่า สถานีบางบัว เนื่องจากที่ตั้งสถานีตั้งอยู่ในย่านชุมชนบางบัว และใกล้แยกบางบัว ซอยบางบัว (พหลโยธิน 49) โรงเรียนบางบัว (เพ่งตั้งตรงจิตวิทยาคาร) และวัดบางบัว อันเป็นโรงเรียนและวัดเก่าแก่ในพื้นที่ แต่อย่างไรก็ตามในคราวการก่อสร้างเมื่อ พ.ศ. 2556 การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย (รฟม.) ได้ดำเนินการเปลี่ยนชื่อสถานีเป็น สถานีศรีปทุม ตามข้อเสนอจากทางคณะกรรมการมหาวิทยาลัยศรีปทุม ที่ได้มีการยื่นเรื่องร้องขอให้พิจารณาใช้ชื่อสถานีว่า ศรีปทุม แทน บางบัว ด้วยชื่อดังกล่าว เป็นนามพระราชทานโดย สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ที่พระราชทานนาม ศรีปทุม ให้เป็นชื่อของมหาวิทยาลัยศรีปทุมแทน วิทยาลัยไทยสุริยะ ที่ใช้มาตั้งแต่เดิม โดยมีความหมายว่า "ดอกบัว" เช่นเดียวกับคำว่าบางบัว[1] ภายหลังประชาชนที่อาศัยในย่านดังกล่าวเกิดการคัดค้านการใช้ชื่อสถานีอย่างหนัก จึงได้ส่งเรื่องร้องเรียนไปยัง การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย สำนักการจราจรและขนส่ง กรุงเทพมหานคร รวมถึง กรุงเทพธนาคม และบีทีเอสซี เพื่อให้มีการพิจารณาเปลี่ยนชื่อสถานีกลับเป็น บางบัว ตามเดิม ด้วยเหตุที่ว่า ย่านที่ตั้งสถานีมีชื่อย่านว่าบางบัว ประชาชนรู้จักกันเป็นอย่างดีอยู่แล้ว และการใช้ชื่อ "ศรีปทุม" อาจเป็นการโฆษณา หรือการประชาสัมพันธ์ให้กับมหาวิทยาลัยศรีปทุม ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยเอกชน หาใช่มหาวิทยาลัยรัฐบาลเช่นเดียวกับมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ที่ถูกนำไปใช้เป็นชื่อสถานี รวมถึงอาจเข้าข่ายความเสี่ยงในการเปลี่ยนแปลงสถานที่ด้วยเหตุผลเดียวกับที่ รฟม. เปลี่ยนชื่อสถานีหอวัง เป็นสถานีห้าแยกลาดพร้าว ด้วยเช่นกัน[2]

ภายหลังจากที่ได้รับการร้องเรียน รฟม. ได้ออกแถลงการณ์ว่าสาเหตุที่ รฟม. ตัดสินใจใช้ชื่อว่า "ศรีปทุม" เนื่องมาจากเป็นนามพระราชทาน ย่อมมีศักดิ์สูงกว่าชื่อย่านที่ประชาชนรู้จักกันโดยทั่วไป และความหมายคือ "ดอกบัว" ย่อมมีความหมายที่พ้องต้องกันกับย่านบางบัวอยู่แล้ว แต่อย่างไรก็ตาม รฟม. ยินดีรับข้อร้องเรียนไปพิจารณาเพื่อกำหนดเป็นชื่อสถานีจริงก่อนเปิดให้บริการต่อไป[3] ซึ่งภายหลังจากที่ รฟม. ได้โอนโครงการให้กรุงเทพมหานครไปดำเนินการ ประชาชนย่านบางบัวจึงได้ร้องเรียนไปที่กรุงเทพมหานคร และกรุงเทพธนาคมอีกครั้ง ทั้งสองหน่วยงานจึงรับเรื่องพิจารณา และร้องขอให้ รฟม. อย่าเพิ่งดำเนินการติดตั้งป้ายชื่อสถานีจนกว่าจะได้รับการยืนยันจากทาง กทม. และบีทีเอสซีที่เป็นผู้ให้บริการ

ต่อมา กรุงเทพมหานคร ได้ยืนยันใช้ชื่อ "บางบัว" เป็นชื่อสถานีตามแผนงานเดิมของ สนข. เนื่องจากเหตุผลของฝั่งประชาชนฟังขึ้น รวมถึงมีการทำประชาพิจารณ์กับประชาชนในพื้นที่ ซึ่งส่วนใหญ่เห็นควรให้ใช้ชื่อสถานีว่า "บางบัว" กรุงเทพมหานครจึงได้แจ้งยืนยันต่อกรมการขนส่งทางรางว่าได้กำหนดให้สถานีดังกล่าวมีชื่อสถานีอย่างเป็นทางการว่า สถานีบางบัว ในที่สุด[4]