สถานีบางหว้าเป็นสถานีเชื่อมต่อที่สำคัญแห่งหนึ่งของฝั่งธนบุรี เนื่องจากเป็นการเชื่อมต่อระหว่างระบบ และฝั่งบางหว้าของรถไฟฟ้าบีทีเอสเป็นสถานีปลายทาง การก่อสร้างทั้งสองสถานีจึงต้องคำนึงถึงความสะดวกในการเข้า-ออกระบบมากเป็นพิเศษ ผู้รับเหมาก่อสร้างคือ บริษัท ซิโน-ไทย เอ็นจีเนียริ่งแอนด์คอนสตรัคชั่น จำกัด (มหาชน) จึงได้เสนอให้มีการปรับแบบของทั้งสถานีบางหว้าฝั่งบีทีเอสซึ่งมีผู้รับเหมาเป็นเจ้าเดียวกัน และออกแบบให้สถานีฝั่งรถไฟฟ้ามหานครให้เป็นสถานีที่ใช้โครงสร้างบางส่วนร่วมกัน

กล่าวคือโครงสร้างชั้นขายบัตรโดยสารของรถไฟฟ้าบีทีเอส จะเป็นการสร้างฐานชั้นลอยของสถานีฝั่งรถไฟฟ้ามหานครไปในตัว ในขณะที่ชั้นชานชาลาจะใช้วิธีการสร้างของฝั่งบีทีเอสและเร่งการวางรางให้ข้ามสถานีของฝั่งบีทีเอสให้แล้วเสร็จก่อนก่อสร้างชั้นขายบัตรโดยสารและชั้นชานชาลาของฝั่งรถไฟฟ้ามหานคร และได้ออกแบบให้ทางออกที่ 3, 4 ของสถานีฝั่งบีทีเอส เป็นทางเข้า-ออกที่ใช้งานร่วมกันด้วย ทำให้เกิดการหมุนเวียนของผู้โดยสารที่ดีและลดความซ้ำซ้อนในการตั้งทางเข้า-ออกโดยไม่จำเป็น