ขบวนรถที่หยุดรับ-ส่งผู้โดยสาร

สถานีรถไฟประจวบคีรีขันธ์มีขบวนรถหยุดรับส่งผู้โดยสารทั้งหมด 24 ขบวน แบ่งเป็น รถด่วนพิเศษ 10 ขบวน รถด่วน 2 ขบวน รถเร็ว 8 ขบวน และรถธรรมดา 4 ขบวน ดังนี้

• ขบวนรถด่วนพิเศษ "ทักษิณ" ที่ 37/38 กรุงเทพ - สุไหงโก-ลก - กรุงเทพ
• ขบวนรถด่วนพิเศษระหว่างประเทศ ที่ 45/46 กรุงเทพ - ปาดังเบซาร์ - กรุงเทพ
• ขบวนรถด่วนพิเศษดีเซลรางที่ 39/40 กรุงเทพ - สุราษฎร์ธานี - กรุงเทพ
• ขบวนรถด่วนพิเศษดีเซลรางที่ 41/42 กรุงเทพ - ยะลา - กรุงเทพ
• ขบวนรถด่วนพิเศษดีเซลรางที่ 43/44 กรุงเทพ - สุราษฎร์ธานี - กรุงเทพ
• ขบวนรถด่วนที่ 85/86 กรุงเทพ - นครศรีธรรมราช - กรุงเทพ
• ขบวนรถเร็วที่ 167/168 กรุงเทพ - กันตัง - กรุงเทพ
• ขบวนรถเร็วที่ 169/170 กรุงเทพ - ยะลา - กรุงเทพ
• ขบวนรถเร็วที่ 171/172 กรุงเทพ - สุไหงโก-ลก - กรุงเทพ
• ขบวนรถเร็วที่ 173/174 กรุงเทพ - นครศรีธรรมราช - กรุงเทพ
• ขบวนรถธรรมดาที่ 255/254 ธนบุรี - หลังสวน - ธนบุรี

ขบวนรถที่เคยหยุดรับ-ส่งผู้โดยสาร

สถานีรถไฟประจวบคีรีขันธ์มีขบวนรถไฟที่เคยทดลองหยุดเพื่อการโดยสาร 2 ขบวน ดังนี้

• ขบวนรถด่วนพิเศษ "ทักษิณารัถย์" ที่ 31/32 กรุงเทพ - ชุมทางหาดใหญ่ - กรุงเทพ

ขบวนรถที่ไม่หยุดรับ-ส่งผู้โดยสาร

สถานีรถไฟประจวบคีรีขันธ์มีขบวนรถที่ไม่หยุดรับส่งผู้โดยสาร 2 ขบวน ดังนี้

• ขบวนรถด่วนที่ 83/84 กรุงเทพ - ตรัง - กรุงเทพ

ขบวนรถจอดรอทำขบวน

สถานีประจวบคีรีขันธ์มีขบวนรถจอดรอทำขบวน 2 ขบวน คือ

ขบวนรถธรรมดาที่ 251/252 ธนบุรี - ประจวบคีรีขันธ์ - ธนบุรี โดยเที่ยวไป ขบวน 251 จะออกจากธนบุรีเวลา 13.05 น. ถึงประจวบคีรีขันธ์เวลา 19.20 น. แล้วจอดรอทำขบวนที่สถานีประจวบคีรีขันธ์ (จอดค้างคืน) วันรุ่งขึ้นเที่ยวกลับ ขบวน 252 ออกจากประจวบคีรีขันธ์เวลา 04.51 น. และถึงธนบุรีเวลา 10.55 น.