สถานีศิลาอาสน์เป็นสถานีเดียวในจังหวัดอุตรดิตถ์ที่มีขบวนรถต้นทางและปลายทาง คือ ขบวนรถเร็วที่ 105/106 (กรุงเทพ-ศิลาอาสน์-กรุงเทพ ซึ่งแต่เดิมคือขบวนรถเร็ว 53/54) และขบวนรถท้องถิ่นที่ 403/410 (พิษณุโลก-ศิลาอาสน์-พิษณุโลก) ต่อมาการรถไฟฯได้มีการขยายเส้นทางขบวนรถด่วนพิเศษที่ 3/4 จากกรุงเทพ-สวรรคโลก-กรุงเทพเป็น กรุงเทพ-สวรรคโลก-ศิลาอาสน์-กรุงเทพ แต่ขบวนที่ 4 จะเริ่มจัดทำขบวนใหม่ตั้งแต่สถานีรถไฟสวรรคโลกแล้วไปจอดรอรถไฟที่สถานีศิลาอาสน์ก่อนจะเดินทางไปกรุงเทพ นอกจากนี้ในช่วงเทศกาล สถานีรถไฟศิลาอาสน์จะเป็นจุดหมายปลายทางของขบวนพิเศษช่วยเทศกาลสงกรานต์ และเทศกาลปีใหม่อีกด้วย