ในอดีตเมื่อเริ่มแรกสร้างในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เป็นสถานีปลายทางของรถไฟสายใต้ (สถานีรถไฟธนบุรี-สถานีรถไฟเพชรบุรี ) [1][2] โดยในสมัยนั้นเรียกว่า "ทางรถไฟสายเพชรบุรี" [3]

สถานีรถไฟเพชรบุรี เปิดเมื่อ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2446[4] โดยมีสถานีต้นทางอยู่สถานีรถไฟบางกอกน้อย ปลายทางไปที่สถานีรถไฟเพชรบุรี [5]

แต่แล้วในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงได้มีการสร้างต่อไปยังสุไหงโกลก