สถานีรถไฟแม่กลอง อยู่ในเส้นทางรถไฟสายเเม่กลอง(ช่วงสถานีรถไฟบ้านแหลม - สถานีรถไฟแม่กลอง) เปิดเดินรถไฟตลอดทั้งสายครั้งแรกเมื่อ 10 มิถุนายน พ.ศ.2448 ในนามบริษัท รถไฟแม่กลอง ทุนจำกัด(บริษัทที่ได้รับสัมปทานในขณะนั้น)

วันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ.2450 บริษัท รถไฟท่าจีน จำกัด ผู้ได้รับสัมปทานทางรถไฟสายเเม่กลอง(ช่วงสถานีรถไฟปากคลองสาน - สถานีรถไฟมหาชัย)ในขณะนั้น กับบริษัท รถไฟแม่กลอง ทุนจำกัด ได้รวมกิจการเข้าเป็นบริษัทเดียวกัน โดยได้รับพระบรมราชานุญาตเป็นทางการเมื่อวันที่ 6 ตุลาคม พ.ศ.2451 ใช้ชื่อว่า“บริษัท รถไฟแม่กลอง ทุนจำกัด ”

วันที่ 23 พฤศจิกายน พ.ศ.2485 เวลาเที่ยงคืน สัมปทานทางรถไฟระหว่างสถานีคลองสาน – มหาชัย ได้หมดอายุลง และในวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ.2488 เวลาเที่ยงคืน สัมปทานทางรถไฟระหว่างสถานีบ้านแหลม – แม่กลอง ได้สิ้นสุดลงตามลำดับ ทางรัฐบาลได้รับซื้อกิจการทั้งหมดของบริษัทฯ มาดำเนินงานต่อไป ตามสัญญาซื้อขายทรัพย์สิน ลงวันที่ 8 พฤษภาคม พ.ศ.2489 รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 2,000,000 บาท และจัดตั้ง “องค์กรรถไฟสายแม่กลอง” ดำเนินกิจการเป็นเอกเทศ ภายใต้สังกัดกรมรถไฟ โดยมีคณะกรรมการควบคุมอำนวยการ ประกอบด้วยอธิบดีกรมรถไฟ เป็นประธานกรรมการโดยตำแหน่ง มีผู้จัดการเป็นผู้รับผิดชอบบริหารงานแบบเดียวกับครั้งยังเป็นของบริษัท

เมื่อกรมรถไฟ ได้เปลี่ยนแปลงสถานะเป็นการรถไฟแห่งประเทศไทยแล้ว กระทรวงคมนาคมมีคำสั่งให้องค์การนี้มารวมกับการรถไฟฯ ตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ.2495 เป็นต้นมา โดยให้มีฐานะเป็น “ สำนักงานรถไฟสายแม่กลอง ” แต่ยังรวมเฉพาะหลักการเท่านั้น ส่วนการบริหารและวิธีดำเนินงานคงปฏิบัติตามเดิมต่อไป จนในที่สุดกระทรวงคมนาคม มีคำสั่งให้สำนักงานนี้มารวมกิจการกับการรถไฟฯ ทุกอย่าง ตั้งแต่วันที่ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2498 เป็นต้นไป จนถึงปัจจุบัน[4]

การซ่อมบำรุงและปรับปรุงเส้นทาง

เดิมย่านสถานีรถไฟแม่กลองนั้นยาวถึงตลาดร่มหุบ ลักษณะเป็นทางตีโค้งคู่กับแนวเส้นทางในปัจจุบัน แต่เนื่องจากความเจริญของเมืองและการรุกล้ำพื้นที่เขตทางรถไฟ ย่านสถานีรถไฟแม่กลองยาวแค่ถึงก่อนจุดตัดถนนเพชรสมุทร ดังเช่นในปัจจุบัน

ในปี พ.ศ. 2558 การรถไฟแห่งประเทศไทย ได้สั่งปิดเส้นทางรถไฟสายแม่กลอง(สถานีรถไฟบ้านแหลม - สถานีรถไฟแม่กลอง) ระหว่างวันที่ 13 พฤษภาคม 2558 - 8 พฤศจิกายน 2558 รวมระยะเวลา 180 วัน เพื่อปรับปรุงเส้นทางตามโครงการปรับปรุงทางรถไฟ ในระหว่างนี้จะใช้รถยนต์รับส่งผู้โดยสารชั่วคราวไปก่อน[5]

เนื่องจากทางรถไฟสายแม่กลอง(สถานีรถไฟบ้านแหลม - สถานีรถไฟแม่กลอง) มีรถไฟตลอดเส้นทางเพียงขบวนเดียว ทางหลีกจึงมีแค่สถานีบ้านแหลม ป้ายหยุดรถบ้านนาขวาง และสถานีรถไฟแม่กลอง โดยไม่มีเส้นทางเชื่อมต่อกับรถไฟสายหลัก ทำให้การขนส่งขบวนรถเพื่อซ่อมบำรุง ต้องบรรทุกขบวนรถจากศูนย์ซ่อมบำรุงที่สถานีรถไฟธนบุรีหรือสถานีรถไฟมักกะสัน โดยผ่านทางแพขนานยนต์[6]