สถานีรถไฟแม่น้ำ ตั้งอยู่ในพื้นที่แขวงช่องนนทรี เขตยานนาวา กรุงเทพมหานคร เป็นสถานีรถไฟชั้นพิเศษ ของทางรถไฟสายตะวันออก ห่างจากสถานีกรุงเทพ ระยะทาง 9.87 กิโลเมตร และสถานีมักกะสัน ระยะทาง 4.70 กิโลเมตร ใช้ระบบประแจกลหมู่ชนิดบังคับด้วยเครื่องกลไฟฟ้าสัมพันธ์ หรือสายลวด กับสัญญาณไฟสี ก.3 ตัวอาคารสถานีตั้งอยู่ริมถนนเชื้อเพลิง ซึ่งตัดผ่านระหว่างตัวสถานีกับย่านสถานี สำหรับสถานีแม่น้ำ เป็นสถานีเฉพาะขบวนรถสินค้า แต่เปิดให้จองตั๋วโดยสารล่วงหน้าเช่นเดียวกับสถานีทั่วไป[1]