สัญลักษณ์ของสถานี

สัญลักษณ์ของสถานีเป็นซุ้มประตูสามยอด เพื่อสื่อถึงกายภาพของประตูสามยอดที่ถือเป็นประตูเมืองเก่า และอาคารราชการบริเวณแยกสามยอด โดยการออกแบบเสาและเครื่องจำหน่ายบัตรโดยสารจะใช้รูปแบบของซุ้มประตูสามยอดทั้งหมด ในส่วนของสีประจำสถานีได้เลือกใช้สีน้ำตาลแทนการใช้สีน้ำเงินเพื่อสื่อถึงความเป็นสถานีเชื่อมต่อ เพื่อให้สอดคล้องกับลักษณะของประตูสามยอดในสมัยก่อนที่ใช้ไม้ทำประตู

รูปแบบของสถานี

สำหรับเส้นทางรถไฟฟ้าสายเฉลิมรัชมงคลเป็นชานชาลาต่างระดับ (Station with Stack Platform) เนื่องมาจากแนวถนนเจริญกรุงมีพื้นที่คับแคบ ทำให้ต้องสร้างอุโมงค์ซ้อนกัน แต่สำหรับเส้นทางสายฉลองรัชธรรม ซึ่งมีเส้นทางเดินรถตามแนวถนนมหาไชย จะเป็นชานชาลาแบบกลาง (Station with Central Platform) ในแนวตัดขวางกับถนนเจริญกรุง

ทางเข้า-ออกสถานี

ทางเข้า-ออกสถานีมีทั้งหมดสามจุดโดยเป็นอาคารที่สร้างเหนือพื้นดินตามแนวถนนเจริญกรุง โดยทั้งสามอาคารตั้งอยู่บริเวณพื้นที่ระหว่างถนนเจริญกรุงและซอยสามยอด และคั่นกลางระหว่างอาคารด้วยซอยเจริญกรุง 5 และซอยเจริญกรุง 7 ทั้งนี้อาคารดังกล่าวทำหน้าที่เป็นชั้นขายบัตรโดยสารไปในตัว โดยผู้โดยสารจะต้องชำระค่าโดยสารและเข้าสู่พื้นที่ตรวจบัตรโดยสารตั้งแต่ชั้นนี้ก่อนลงไปยังตัวสถานีที่อยู่ใต้ดิน

• อาคาร 1 ถนนมหาไชย, แยกสามยอด, พิพิธภัณฑ์ราชทัณฑ์, สวนรมณีนาถ, โรงแรมมิราม่า, เมก้า พลาซ่า สะพานเหล็ก, ศูนย์การค้าไชน่าเวิลด์ (บันไดเลื่อน)
• อาคาร 2 ซอยเจริญกรุง 5 และซอยเจริญกรุง 7 (เฉพาะลิฟต์)
• อาคาร 3 ถนนบูรพา, ถนนอุณากรรณ, วัดสุทัศน์เทพวรารามราชวรมหาวิหาร, ดิโอลด์สยามพลาซ่า (บันไดเลื่อน)

• อาคารสถานีรถไฟฟ้า MRT สามยอด
• อาคารทางออก 1
• อาคารทางออก 2
• อาคารทางออก 3

การจัดพื้นที่ในตัวสถานี

แบ่งเป็น 6 ชั้น โดยเป็นอาคารเหนือพื้นดิน 2 ชั้น และชั้นใต้ดิน 4 ชั้น ประกอบด้วย

• 2 ชั้นสำนักงาน ห้องควบคุมสถานี และห้องเครื่อง
• 1 ชั้นระดับถนน และชั้นออกบัตรโดยสาร เหรียญโดยสาร และห้องประชาสัมพันธ์ (Concourse level)
• B1 ชั้นคั่นกลางระหว่างชั้นจำหน่ายบัตรโดยสารและชานชาลา
• B2 ชั้นชานชาลาหมายเลข 2 รถไฟฟ้าสายสีน้ำเงิน มุ่งหน้าสถานีท่าพระ (ผ่านสถานีบางซื่อ)
• B3 ชานชาลารถไฟฟ้าสายสีม่วง ชานชาลา 3 มุ่งหน้าสถานีครุใน และชานชาลา 4 มุ่งหน้าสถานีคลองบางไผ่
• B4 ชั้นชานชาลาหมายเลข 1 รถไฟฟ้าสายสีน้ำเงิน มุ่งหน้าสถานีหลักสอง