สถาบันขงจื๊อ มหาวิทยาลัยขอนแก่น บริหารงานภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการบริหารสถาบันขงจื๊อฯ ซึ่งมีองค์ประกอบเป็น ผู้บริหารจากมหาวิทยาลัยขอนแก่น และมหาวิทยาลัยซีหนาน ได้แก่ อธิการบดีมหาวิทยาลัยขอนแก่น และ อธิการบดีมหาวิทยาลัยซีหนาน เป็นที่ปรึกษา รองอธิการบดีมหาวิทยาลัยขอนแก่น และรองอธิการบดีมหาวิทยาลัยซีหนานเป็นประธานและรองประธาน คณบดี และ/หรือ ผู้อำนวยการหน่วยงานในมหาวิทยาลัยขอนแก่น และมหาวิทยาลัยซีหนานแห่งละ 3 คน รวม 6 คน เป็นกรรมการ โดยมีผู้อำนวยการสถาบันขงจื๊อ มหาวิทยาลัยขอนแก่น เป็นกรรมการและเลขานุการ และรองผู้อำนวยการสถาบันขงจื๊อ มหาวิทยาลัยขอนแก่น เป็นกรรมการและผู้ช่วยเลขานุการ