สถาบันฯ มีโครงสร้างการบริหารตามแนวทางโครงสร้างสถาบันวิจัยของมหาวิทยาลัย ดังนี้

1. สำนักงานเลขานุการสถาบันฯ มีเลขานุการสถาบันฯ ดูแลรับผิดชอบ แบ่งงานเป็น 2 งาน โดยมีหัวหน้างานดูแล คือ
   1. งานบริหารและธุรการ ซึ่งประกอบด้วย 6 หน่วยงานย่อย ได้แก่ หน่วยสารบรรณและงานพิมพ์ หน่วยการเจ้าหน้าที่ หน่วยการเงิน บัญชี และงบประมาณ หน่วยวิเคราะห์นโยบายและแผน หน่วยพัสดุ อาคาร และสถานที่ และ หน่วยวิเทศสัมพันธ์ โดยมีภาระงานในการบริหารและดำเนินงานในภารกิจของสถาบันฯ ตามขอบเขตภาระหน้าที่ขององค์การ
   2. งานบริการวิชาการ ซึ่งประกอบด้วย 6 หน่วยงานย่อย ได้แก่ หน่วยฝึกอบรมและสัมมนา หน่วยที่ปรึกษาและพัฒนาระบบงาน หน่วยเผยแพร่ข้อมูลสมาชิก หน่วยบริการงานวิจัย หน่วยคลังข้อมูล และหน่วยเทคโนโลยีและสารสนเทศ โดยมีภาระงานในการให้บริการสังคมด้านการฝึกอบรมสัมมนาวิชาการ การให้คำปรึกษาและพัฒนาระบบงานแก่หน่วยงานภายนอก การเปิดรับสมาชิกและเผยแพร่ข้อมูลและผลงานวิจัยแก่สมาชิกทั้งในรูปเอกสารสิ่งพิมพ์ และเผยแพร่ข้อมูลผ่านทางเว็บไซต์ของสถาบันฯ
2. ฝ่ายวิจัย มีหัวหน้าฝ่ายวิจัยดูแลรับผิดชอบ การรับมอบหมายงานขึ้นตรงต่อผู้อำนวยการสถาบัน มีภาระงานในการดำเนินโครงการวิจัยต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับทรัพยากรมนุษย์ ทั้งการวิจัยในประเทศและการวิจัยระหว่างประเทศ

สถาบันฯ มีบุคลากรทั้งสิ้น 18 คน เป็นข้าราชการ จำนวน 14 คน พนักงานตำแหน่งนักวิจัย 1 คน และลูกจ้างประจำ 3 คน ในจำนวนนี้มีนักวิจัย 4 คน

สถาบันทรัพยากรมนุษย์ เป็นแหล่งข้อมูลทางวิชาการ ข่าวสาร เอกสารการวิจัย และสิ่งพิมพ์ต่าง ๆ มากมาย และหลากหลาย จึงได้จัดตั้งโครงการสมาชิกสถาบันทรัพยากรมนุษย์ขึ้น ทั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อเผยแพร่ความรู้ทางวิชาการอันเกี่ยวข้องกับการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ รวมทั้งเพื่อเผยแพร่ข้อมูลข่าวสารด้านการวางแผน และการวิจัยด้านทรัพยากรมนุษย์ ตลอดจน เพื่อประชาสัมพันธ์กิจกรรมต่าง ๆ ของสถาบัน โดยรับสมัครสมาชิกเป็นรายปีจากฝ่ายบุคคล และฝ่ายต่าง ๆ ของหน่วยงานภาคเอกชน สถาบันการศึกษา ส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ และบุคคลทั่วไป

สถาบันฯ จะจัดส่งเอกสารให้แก่สมาชิกทุก ๆ 2 เดือน ได้แก่ เอกสารทางวิชาการต่าง ๆ จดหมายข่าวสถาบัน และคำปรึกษาแนะนำทางด้านข้อมูล การวางแผน รวมทั้งข่าวสารกิจกรรมของสถาบันฯ ปัจจุบันสถาบันฯ มีสมาชิกอยู่มากกว่า 150 ราย