สถาบันทักษิณคดีศึกษามีภาระปฏิบัติในเรื่องราวที่เกี่ยวกับวัฒนธรรมภาคใต้ที่สำคัญคือ รวบรวมและประมวลข้อมูล ศึกษาวิจัย อนุรักษ์ ส่งเสริม เผยแพร่และพัฒนาวัฒนธรรม จากภาระงานดังกล่าวจึงมีภาระหน้าที่ดังนี้

1. งานเก็บรวบรวมข้อมูล ดำเนินการจัดเก็บข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับวัฒนธรรมภาคใต้ทุกลักษณะ ทั้งที่เป็นวัตถุของจริง วรรณกรรม (ทั้งที่เป็นลายลักษณ์ ข้อมูลมุขปาฐะ) เอกสารท้องถิ่น ภาพ เสียง และอื่น ๆ เพื่อประมวลและจัดระบบทางวิชาการ
2. งานพิพิธภัณฑ์คติชนวิทยา เป็นการจัดแสดงข้อมูลเกี่ยวกับภาคใต้ที่เกี่ยวข้องกับประเพณีวัฒนธรรมทุกด้าน เช่น ประวัติศาสตร์และชาติพันธุ์ ศาสนา การศึกษา อาชีพ วิถีการดำรงชีวิต เศรษฐกิจ และสังคม เป็นต้น
3. งานทักษิณสนเทศ เป็นงานให้บริการข้อมูลเกี่ยวข้องกับภาคใต้ในรูปแบบต่าง ๆ เช่น เอกสารท้องถิ่น วรรณกรรมท้องถิ่น ภาพและเสียง รวมถึงการบริการฐานข้อมูลคอมพิวเตอร์
4. งานศึกษาวิจัย เป็นงานวิเคราะห์และสังเคราะห์ข้อมูลในประเด็นสำคัญ ๆ ทางสังคมเพื่อใช้เป็นข้อมูลในการแก้ปัญหาและพัฒนาภูมิภาค
5. งานส่งเสริมเผยแพร่และพัฒนาวัฒนธรรม เป็นการเผยแพร่ผลงานของสถาบันฯ ในรูปแบบต่าง ๆ มีทั้งการจัดแสดง การผลิตสื่อเพื่อการเผยแพร่ การจัดนิทรรศการ การจัดการสัมมนา-อภิปราย การจัดฝึกอบรมและอื่น ๆ ทั้งภายในและนอกสถาบัน
6. งานหอศิลปกรรมทักษิณ ดำเนินการส่งเสริมเกี่ยวกับงานศิลปกรรมภาคใต้ในรูปแบบหอศิลป์ โดยจัดแสดงงานศิลปะทั้งรูปแบบนิทรรศการถาวรและนิทรรศการหมุนเวียน ทั้งที่เป็นงานศิลปะสมัยใหม่และศิลปะพื้นบ้าน
7. งานบริการทางวิชาการและด้านอื่น ๆ ให้บริการการบรรยายสรุปการเยี่ยมชมพิพิธภัณฑ์คติชนวิทยา ชมวีดิทัศน์แนะนำสถาบัน ให้บริการสำเนาข้อมูลทางด้านวัฒนธรรม เช่น ภาพ เสียง วรรณกรรมท้องถิ่น ให้คำปรึกษาทั่วไปเกี่ยวกับวัฒนธรรมท้องถิ่น และเป็นวิทยากรด้านวัฒนธรรมให้หน่วยงานอื่นทั้งภาครัฐและเอกชน นอกจากนี้ยังมีงานบริการด้านอื่น ๆ เช่น

- บริการสารสนเทศและฐานข้อมูลพื้นฐานของสถาบันทักษิณดคีศึกษา ข้อมูลเกี่ยวกับภาคใต้ และฐานข้อมูลต่าง ๆ เช่น ฐานข้อมูลเอกสารภาคใต้ ฐานข้อมูลวรรณกรรมท้องถิ่นภาคใต้ ฐานข้อมูลสารานุกรมวัฒนธรรมภาคใต้

- บริการห้องประชุมสัมมนา มีห้องประชุมที่สะดวกสบายหลายขนาดตามความเหมาะสมกับการประชุมไว้เพื่อบริการ ทั้งขนาดประชุมได้ 20 คน 30 คน 100 คน จนถึง 1,500 คน

- บริการสินค้าพื้นเมือง มีร้านจำหน่ายสินค้าของที่ระลึก ซึ่งเป็นผลิตภัณฑ์พื้นบ้าน เช่น ผลิตภัณฑ์จากปาหนัน ย่านลิเพา หนัง ผ้าทอเกาะยอ ผลิตภัณฑ์จากเปลือกหอย ผลิตภัณฑ์จากกะลามะพร้าว เครื่องเงิน เครื่องปั้นดินเผาและเซรามิค เป็นต้น

- บริการห้องพัก มีห้องไว้บริการในลักษณะโรงแรมและรีสอร์ท ห้องมีความสะดวกสบาย ออกแบบตกแต่งอย่างปราณีต ท่ามกลางภูมิทัศน์ที่แวดล้อมด้วยธรรมชาติที่งดงามที่สุดแห่งหนึ่งของภาคใต้